Ученик И. Г. Петровского, закончил механико-математический факультет МГУ (1941) и Военно-Воздушную Инженерную Академию (1944). Доктор физико-математических наук (1951), профессор (1952). Был членом Президиума научно-методического совета по математике при МВ ССО СССР, председателем секции ВТУЗов Московского математического общества. Почётный член президиума Харьковского математического общества, почётный профессор Московского института инженеров транспорта.
А. Д. Мышкисом был внесён большой вклад в теорию обыкновенных дифференциальных уравнений и уравнений с частными производными, в том числе в связи с прикладными задачами — в частности, в исследовании поведения жидкости в невесомости и в задаче Жуковского о трогающемся поезде.
До осени 1932 г. жил в Харькове, затем (в связи с переводом отца) его семья переехала в Москву. В 1937 г. закончил 25 образцовую (она же впоследствии — 175) школу, с 1935 г. участвует в математическом кружке на мехмате МГУ, проводимом И. М. Гельфандом.
С 1937 по 1941 год учится на мехмате МГУ, в 1941 (в эвакуации) его заканчивает, и поступает в Военно-Воздушную Инженерную Академию — которую заканчивает в 1944, становясь её преподавателем. В 1947 переводится в Ригу. Позднее работал в Харьковском авиационном институте, а последние десятилетия жизни был профессором кафедры Прикладная Математика-1 (ПМ-1) Московского государственного университета путей сообщения (МИИТ).
Скончался в Москве 9 июля 2009 года
А. Д. Мышкисом было введено понятие обобщённого решения для обыкновенного дифференциального уравнения с многозначной разрывной правой частью, построен пример с неединственным решением задачи Коши, заданной на нехарактеристике (этот цикл работ был удостоен премии ММО). Им же была создана теория уравнений с запаздывающим аргументом, положено начало теории импульсных дифференциальных уравнений.
В 1963 г. вместе с учениками занимается исследованием поведения жидкости в невесомости, в 1976 г. выходит соответствующая монография «Гидромеханика невесомости».
А. Д. Мышкисом внесён большой вклад в исследование функционально-дифференциальных уравнений.
Автор или соавтор 17 книг, научный руководитель 36 кандидатских и 7 докторских диссертаций.
В его честь названа одна из лекционных аудиторий (1319) Московского государственного университета путей сообщения (МИИТ).