Анатолий Георгиевич Афанасьев родился 7 июля 1912 года в Санкт-Петербурге в семье фельдшера.
В юношестве жил в городе Череповец.
В апреле 1930 года Афанасьев был призван в ряды РККА.
В 1932 году закончил Ленинградскую военно-инженерную школу, после чего служил на должностях командира сапёрного взвода и сапёрной роты в Приволжском военном округе.
С сентября 1937 года Анатолий Георгиевич Афанасьев был слушателем Военно-инженерной академии имени В. В. Куйбышева, по окончании которой прибыл в часть для преддипломной практики.
В июне 1941 года Афанасьев был направлен на строительство оборонительных сооружений военно-морской базы на полуострове Ханко.
Командир 8-й отдельной стрелковой бригады полковник Н. П. Симоняк назначил капитана Афанасьева на должность командира только что сформированного из личного состава инженерных войск стрелкового батальона. До 2 декабря батальон участвовал в обороне военно-морской базы Ханко, прикрывавшей подступы к Ленинграду с моря.
Вскоре бригада была передислоцирована в район Синявинских высот и была преобразована в 136-ю дивизию. Афанасьев был инженерным техником, но вскоре был назначен на должность командира 270-го стрелкового полка, принимавшего участие в прорыве блокады Ленинграда зимой 1943 года. В январе 1944 года Ленинградский и Волховский фронты в районе Шлиссельбурга прорвали блокаду.
19 января 1943 года за успешные боевые действия дивизия получила гвардейское звание и стала именоваться 63-й гвардейской, а полк Афанасьева — 190-м гвардейским стрелковым полком. Афанасьев за взятие Синявинских высот был награждён орденом Суворова 3-й степени.
В 1944 году в ходе боёв на Карельском перешейке на Выборгском направлении полк под командованием Афанасьева прорвал оборону противника. Выборг был взят 20 июня 1944 года.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 21 июня 1944 года за высокие организаторские способности, командирские качества и личное мужество в ходе прорыва обороны немцев на Пулковских высотах под Ленинградом полковнику Анатолию Георгиевичу Афанасьеву присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 3731).
Полк под командованием Афанасьева принимал участие в освобождении Эстонии. 6 октября 1944 года полковник Афанасьев был назначен на должность командира 63-й гвардейской стрелковой дивизии.
9 мая 1945 года в городе Кулдига Афанасьев принял участие в принятии капитуляции курляндской группировки противника. За участие в боях в Курляндию Афанасьев был награждён орденом Александра Невского.
24 июня 1945 года полковник Анатолий Георгиевич Афанасьев принимал участие в Параде Победы, проходившем в Москве, где возглавил сводную роту парадного расчета полка Ленинградского фронта.
В 1948 году Афанасьев закончил Высшую военную академию имени К. Е. Ворошилова, после чего был назначен на должность начальника штаба стрелкового корпуса.
В 1950 году был назначен на должность старшего военного советника командира армейского корпуса Венгерской Народной Армии, в 1955 году — на должность заместителя начальника, а в 1959 году — на должность начальника первого управления в Главном Управлении кадров Министерства обороны СССР.
С июня 1960 года Афанасьев служил в Ракетных войсках стратегического назначения в должности заместителя начальника Главного штаба РВСН по организационно-мобилизационным вопросам.
В 1962 году принял участие в операции «Анадырь», отправляя суда из Севастополя со стратегическими ракетами и войсками на Кубу.
В мае 1963 года был назначен на должность начальника штаба — первого заместителя начальника Командно-измерительного комплекса искусственных спутников Земли и космических объектов.
Генерал-майор Афанасьев в 1972 году вышел в отставку.
На пенсии был членом Координационного совета МАВИ, Совета ветеранов Командно-измерительного комплекса и Российского комитета ветеранов войны и военной службы.
Анатолий Георгиевич Афанасьев умер 29 октября 2003 года в Москве. Похоронен на Троекуровском кладбище (участок 5).