Родился в еврейской семье в Оберне, тогдашней Лотарингии, которая стала снова Францией в результате Первой мировой войны. Учился и занимал должность профессора в Страсбурге вплоть до 1960-х годов. В годы Второй мировой войны скрывался от нацистов. Основал во Франции центр изучения иудаики, много способствовал улучшению отношения к сионизму. После Шестидневной войны вместе с женой Рене Неер-Бернхайм переселился в Иерусалим и преподавал в израильских университетах, прежде всего Тель-Авивском. В 1973 году Неер удостоился премии президента Израиля. Писал по большей части на французском, последние книги - на иврите.
Философия Андре Неера соединяет в себе религиозное направление французскоги экзистенциализма с духом древних еврейских источников. Некоторые его работы были чисто философскими, как Трансцендентность и имманеннтость, в других дух пророков проявляется сильнее, как в Амос, вклад в изучение пророчества. Кроме того, он внёс вклад в изучение истории философии, особенно Махарала из Праги, а также в историю науки, особенно про Давида Ганса.
Для определения смысла истории и мира вообще, Неер использует другой библейский источник - книгу Екклесиаста. Да, все суета сует, причём слово «суета» от того же корня, что и имя «Авель». Но и все материальные приобретения тоже суета, и слово «приобретение» от того же корня, что и имя «Каин». Так, что и томление духа, и материя, дела Авеля и Каина - суета. А что же нет? На это Неер приводит конец книги Екклесиаста: «всё услышано». Бог сохраняет всё, поэтому прошедшее не пропало, а продолжает играть роль.
Пророк отождествляется с Божественным пафосом, но иногда пророчество может выразиться в голосе тонкой тишины, в молчании. Безмолвие Бога указывает человеку на тайны, непостижимые земному уму.