Обучался в Лейпциге и Виттенберге. Он стал профессором в университете Франкфурта-на-Одере . Как богослов он был гнесиолютеранином и выступал против Интерима, полемизировал с Андреасом Озиандером, Фраческо Станкаро, Филиппом Меланхтоном и Жаном Кальвином
Мускулус был одним из соавторов «Формулы Согласия». Он был также одним из самых значительных защитников почитания Святых Даров в раннем лютеранстве. Его главная работа над эту тему: «Propositiones de vera, reali et substantiali praesentia, Corporis & Sanguinis Iesu Christi in Sacramento Altaris, Francofordiae ad Oderam, 1573». Является автором литургических тексов, в которых подчёркивается подлинное присутствие Плоти и Крови Иисуса Христа в Причастии.