Воспитанник СДЮШОР «Динамо» Москва.
В 1994 году уехал выступать в Европу. Сначала отыграл полтора сезона за «Штурм» (Грац).
Затем ему предложили выгодный контракт в ПАОКе, куда он в итоге уехал в статусе свободного агента. Однако австрийцы с помощью адвокатов доказали, что у Чернышова иной статус и ПАОК должен заплатить за игрока. Из-за этих разногласий, а также из-за частой смены руководства в клубе, Чернышов пробыл в команде всего сезон. После Греции трансферные вопросы Чернышова вела его жена.
Завершил игровую карьеру в 2001 году. Тренировал московский «Спартак», юношескую сборную России.