Профессиональную карьеру начал в «Памире» (Душанбе) (1982—1991). Будучи призванным на военную службу, один сезон (1986) в качестве дублёра Валерия Новикова провёл в ЦСКА, сыграв одну игру.
Болельщики «Памира» называли Андрея Мананникова на свой манер — Абдуманон. Запомнился ещё и тем, что перед тем как ввести мяч в игру, на удачу обязательно его целовал .
После распада СССР первую половину 1992 года провёл в Таджикистане. С лета — в России, играл за российский «Зенит». Однако сезон завершился неудачно — в 1992 году «Зенит» занял 16 место в чемпионате России и вылетел из высшей лиги. Поговорив с руководством питерского клуба, он понял, что квартирный вопрос будет не решен. В итоге, Мананников согласился на переход в волгоградский «Ротор», где ему помогли получить жилье в Волгограде. Одновременно ему помогли перевезти и родителей.
С 1993 играл за «Ротор», позже — в «Анжи», «Металлург» (Липецк).
В 2000 из-за болезни старшего сына переезжает в Санкт-Петербург вместе с родителями. С это времени играл за «Динамо-СПб», «Северсталь», «Светогорец». В «Светогорце» начал свою тренерскую карьеру.
В 2005—2006 годах работал тренером в «Спартаке» (Челябинск / Нижний Новгород), в 2007 году — в красноярском «Металлурге». В 2008 году — тренер вратарей в ФК «Рига».
Женат, двое сыновей — Евгений и Николай.