В 2007 году была достигнута договорённость о включении Гусина в состав тренерского штаба ФК «Сатурн» Московская область. В 2008 году он возобновил в этом клубе карьеру игрока, проведя 13 матчей в чемпионате России 2008 года. Летом 2008 был отзаявлен.
Летом 2009 года Гусин подписал контракт на полтора года с российским клубом «Химки». Однако через месяц расторг контракт по причине травмы.
18 апреля 2010 года Андрей Гусин стал старшим тренером клуба «Анжи» из Махачкалы
С конца 2010 года возглавляет команду "Динамо-2" (Киев), играющую в первой украинской лиге.