Профессор, заведующий кафедрой физиологии растений Санкт-Петербургского университета. Основоположник петербургской школы физиологов растений; автор первого отечественного учебника по физиологии растений (1887). Основные труды Фаминцына связаны с фотосинтезом и обменом веществ в растениях. В докторской диссертации «Действие света на водоросли и некоторые другие близкие к ним организмы» (1866) Фаминцын впервые доказал, что процесс ассимиляции CO2 и образование крахмала в зелёных клетках водорослей могут происходить не только при естественном дневном свете, но и при искусственном освещении. Вместе с О. В. Баранецким (1867) показал сложную природу лишайников и впервые выделил из лишайников зелёные клетки (гонидии), установив тождество их со свободноживущими водорослями. Открыл симбиоз водорослей с радиоляриями. Развивал теорию симбиогенеза.
В области эмбриологии одним из первых приступил к изучению развития зародыша у однодольных. Впервые в России начал развивать экспериментальные исследования в физиологии растений.
В Петербургской Академии наук по его инициативе была организована в 1890 году ботаническая лаборатория — первое в России специальное научно-исследовательское учреждение по физиологии растений.
Фаминцын был инициатором образования (1901) и председателем Бюро библиографии по естествознанию и математике в России при Академии наук, вместе с В. И. Вернадским был инициатором создания Комиссии по изучению естественных производительных сил России (КЕПС). Президент Вольного экономического общества (1906—1909), почётный президент Русского ботанического общества (1915).
По окончании курса в 3-й Санкт-Петербургской гимназии поступил на естественное отделение физико-математического факультета Санкт-Петербургского университета. Занимался ботаникой под руководством профессора Л. С. Ценковского. Ещё студентом получил золотую медаль за работу «Естественная история хвойных Санкт-Петербургской флоры». По окончании курса в 1857 году отправился на собственный счёт за границу, где провёл два года, работая в Гейдельберге, Фрейбурге (занимался у А. де Бари) и на берегу Средиземного моря.
По возвращении в Петербург защитил в 1861 году магистерскую диссертацию «Опыт химико-физиологического исследования над созреванием винограда» и начал читать лекции по анатомии и физиологии растений в Санкт-Петербургском университете. В том же году получил кафедру ботаники в Медико-хирургической академии, которую скоро оставил, всецело посвятив свои силы университету.
После защиты диссертации на степень доктора ботаники в 1867 году («Действие света на водоросли и другие близкие к ним организмы») утверждён в звании экстраординарного профессора. В 1872 году назначен ординарным профессором. В 1878 году Фаминцын был избран адъюнктом Императорской академии наук, а впоследствии экстраординарным (1883) и ординарным академиком (1891). В 1889 году Фаминцын оставил университет, получив звание почётного его члена. При Академии наук Фаминцын устроил ботаническую лабораторию. Состоял некоторое время профессором Высших женских курсов.
В 1890 году Фаминцын основал и возглавил лабораторию анатомии и физиологии растений при Академии наук (ныне Институт физиологии растений имени Тимирязева Российской Академии наук).
В 1906—1909 годах Фаминцын возглавлял Императорское Вольное экономическое общество (до того с 1903 года был его вице-президентом).
Фаминцын входил вместе с другими крупнейшими учёными (А. П. Карпинский, М. А. Рыкачёв, И. П. Павлов, Н. С. Курнаков и др.) в состав Комиссия по изучению естественных производительных сил России (КЕПС), организованной в Академии наук по инициативе группы академиков во главе с В. И. Вернадский в 1915 году в связи с Первой мировой войной.
Фаминцын не был в числе членов учредительного съезда Русского ботанического общества в 1915 году, но как академик всячески содействовал его организации и проведению. В 1916 году он был избран почётным президентом Общества и вошёл в состав его первого Совета.
Чисто физиологические исследования Фаминцына посвящены главным образом влиянию света на различные физиологические процессы. Объектом для исследований по большей части служили водоросли. Действительно, для констатирования многих физиологических процессов трудно подыскать другой более подходящий объект. Например, образование крахмала в клетках Спирогиры, по исследованиям Фаминцына, наступает уже после 30-минутного освещения светом лампы. Фаминцын изучил также влияние света на движение зооспор, на образование хлорофилла и т. д. Фаминцын впервые применил (1868) лампы (керосиновые) для выращивания растений.
Кроме физиологических исследований, Фаминцыну принадлежит ряд работ анатомических и морфологических. Морфологические исследования посвящены вопросу о зародышевых пластах, а также выяснению природы лишайников. Попытка заставить гонидии лишайников жить самостоятельной жизнью привела к открытию симбиоза грибов с водорослями. В 1869 году Фаминцын и Осип Васильевич Баранецкий обнаружили, что зелёные клетки в лишайнике — одноклеточные водоросли. Фаминцын и Баранецкий идентифицировали их со свободноживущей водорослью требуксией (Trebouxia). Это открытие было воспринято современниками как «удивительнейшее».
Фаминцыну принадлежат также исследования над сферокристаллами углекислого кальция и сравнение их строения со строением крахмальных зёрен.
В начале XX века К. С. Мережковский (1905, 1909) и Фаминцын (1907) выдвинули гипотезу о ведущей роли симбиоза в прогрессивной эволюции органического мира (гипотеза симбиогенеза), рассматривая, например, хлоропласты цветковых растений как видоизменённые симбиотические водоросли.
Фаминцын впервые (1883) ввёл термин «обмен веществ» применительно к растениям.
Фаминцын рассматривал испарение воды растениями «как сложнейшую функцию растений, в которой не только отражаются внешние влияния, но и все процессы, происходящие внутри растения».