Андрей Шефер начал свою профессиональную карьеру в составе родной череповецкой «Северстали» в 1998 году. Уже в следующем году на драфте НХЛ он был выбран во 2 раунде под общим 43 номером клубом «Лос-Анджелес Кингз» и после этого отправился в клуб QMJHL «Галифакс Мусхедз», где провел отличный сезон, набрав 81 (34+47) очко в 82 матчах. Однако, несмотря на это, на следующий год он вернулся в Россию, где стал игроком питерского СКА.
Проведя 11 матчей в составе своей новой команды, Андрей вернулся в родную команду, где выступал вплоть до 2006 года (за вычетом большей части сезона 2001/02, когда он вновь вернулся в СКА), завоевав за это время серебряные и бронзовые медали чемпионата России. В 2006 году он перешел в московский ЦСКА, а с сезона 2008/09 Андрей является игроком «Северстали».
Андрей выступал за сборную России на юниорском чемпионате мира 1999 года в Германии и на молодёжном чемпионате мира 2001 года, который проходил в России.