Был старшим сыном трапезундского императора Мануила I и его первой жены Анны Ксилалои, трапезундской дворянки. Стал следующим императором после смерти отца. Также, как и при Мануиле I, в правление Андроника II Трапезунд продолжал развиваться как торговый центр. Во время трех лет правления Андроника Трапезундская империя потеряла Синоп, завоеванный его отцом. Вместе с этой потерей трапезундские императоры потеряли также и надежду на захват Константинополя и перестали вмешиваться в дела Византии. После смерти Андроника II в 1266 году, трапезундский трон унаследовал его брат Георгий Великий Комнин.