Анджей Вайда родился 6 марта 1926 года в городе Сувалки на севере Польши. Его отец, Якуб Вайда, офицер конной артиллерии, в 1939 году попал в советский плен и был расстрелян в Катыни (по другим сведениям, в Харькове). Мать Анеля была школьной учительницей.
К началу оккупации Польши Германией успел окончить 7 классов средней школы. В войну работал чертёжником, грузчиком, учеником бондаря, кладовщиком в немецких мастерских: это спасало от угона на принудительные работы в Рейх. Принёс присягу командирам подпольной Армии крайовой, подчинявшейся правительству в изгнании, но в боевых партизанских действиях не участвовал.
После войны учился живописи в Академии изобразительного искусства в Кракове, но, не закончив курса, поступил на режиссёрский факультет Лодзинской киношколы.
Во время учёбы Вайда работал вторым режиссёром на фильме «Пятеро с улицы Барской», который ставил режиссёр Александр Форд. Окончив в 1954 году киношколу, дебютировал картиной «Поколение», которая положила начало «польской школе кино».
Широкое признание к Вайде пришло после фильма «Канал» (1956), удостоенного нескольких премий, в том числе специального приза на кинофестивале в Канне в 1957 году. Лучшая лента этого периода — «Пепел и алмаз» (по роману Ежи Анджеевского), рассказавшая о трагедии молодого АКовца, убивающего польского коммуниста. В дальнейшем темы войны режиссёр касался в лентах «Лётна», «Самсон», «Пейзаж после битвы», «Корчак», «Кольцо с орлом в короне», «Страстная неделя», «Катынь».
Жанр сатирической комедии не слишком характерен для творчества Вайды. Режиссёр отдал ему должное в фильмах «Невинные чародеи» и «Охота на мух» (по сценарию Януша Гловацкого).
Немалое место в творчестве режиссёра занимают экранизации литературной классики, как польской, так и мировой. В их числе: «Свадьба» по С. Выспяньскому, «Теневая черта» по повести Джозефа Конрада, «Сибирская леди Макбет» по Н. С. Лескову, «Бесы» (по инсценировке романа «Бесы» Ф. М. Достоевского, осуществлённой А. Камю), «Пилат и другие» (по мотивам романа М. Булгакова «Мастер и Маргарита»), «Земля обетованная» (по роману Владислава Реймонта), «Пан Тадеуш» по поэме А. Мицкевича. Вайда снял три фильма по мотивам произведений Ярослава Ивашкевича: «Березняк», «Барышни из Вилько» и «Аир».
Фильмы Анджея Вайды отличаются разнообразием стилистического решения. На его счету и постановочные исторические картины («Пепел»), и изощренные аллегории («Свадьба»), и камерные психологические драмы. В фильме «Настасья» (1994) по мотивам романа Ф. М. Достоевского «Идиот» Вайда использовал стилистику театра кабуки. Среди наиболее совершенных в эстетическом отношении фильмов Вайды — жёсткая социальная притча «Земля обетованная». «Антикапиталистический» пафос фильма сочетается с выразительностью киноязыка, временами напоминающего о творчестве Сергея Эйзенштейна.
Заметный общественно-политический резонанс, и не только в Польше, вызвало творчество Вайды в конце 1970-х — начале 1980-х, когда он снял такие фильмы, как «Человек из мрамора», «Без анестезии», «Человек из железа», «Дантон». Вайда стал одним из первых жёстких критиков сталинизма из числа кинематографистов социалистических стран. Фильм «Дантон», посвященный событиям Великой французской революции, был насыщен аллюзиями на современность и воспринимался зрителями как злободневная политическая притча.
Кроме кинематографа Анджей Вайда с конца 1950-х работал и в театре, в числе поставленных им спектаклей несколько вариантов «Гамлета», «Бесы», «Преступление и наказание».
Был председателем Союза польских кинематографистов (1977—1982), художественным руководителем кинообъединения «Х» (1972—1983). В 80-е активно занимался политической деятельностью. В 1997-м избран во Французскую академию на место скончавшегося Феллини. Кавалер орденов Почётного легиона двух степеней.
Сенатор польского Сейма (1989—1990), председатель Совета по культуре при президенте (1992—1994). С 2000 года руководит Варшавской киношколой собственного имени.
Вайда является последовательным антикоммунистом. Вайда не скрывает негативных взглядов на СССР, Россию и русских, в частности, заявив: «Галстук завязывать — это всё, чему удалось нам, полякам, научить москалей».
В фильмах Вайды снимаются крупнейшие актёры польского кино. Его фильм «Пепел и алмаз» принес мировую известность Збигневу Цибульскому. Фильм «Всё на продажу» стал символической передачей эстафеты от безвременно ушедшего Цибульского к сменившему его в амплуа национального актёра № 1 Даниэлю Ольбрыхскому, снимавшемуся затем в «Пейзаже после битвы» и многих других картинах режиссёра. «Человек из мрамора» дал путевку в актёрскую жизнь Ежи Радзивиловичу. «Пилат и другие», «Земля обетованная», «Дантон» и «Корчак» стали вершинами актёрской биографии Войцеха Пшоняка. В его фильмах играла Беата Тышкевич, некоторое время бывшая спутницей жизни режиссёра.
В фильмах Вайды также снялись Збигнев Замаховский, Збигнев Запасевич, Ольгерд Лукашевич, Анджей Северин, Ежи Штур, Кристина Янда.
Кроме польских актёров, Вайда снимает и иностранных звёзд, включая Бернара Блие, Сергея Гармаша, Александра Домогарова, Джона Гилгуда, Жерара Депардьё, Тома Уилкинсона, Ламбера Вильсона, Сергея Шакурова, Омара Шарифа, Ханну Шигуллу, Армина Мюллер-Шталя, Изабель Юппер.
С 1972 года женат на Кристине Захватович, театральном художнике и актрисе.
Когда Анджей Вайда получил в 1987 году кинематографическую Премию Киото, он решил пожертвовать всю сумму на создание в Кракове музея японского искусства. Проект создал бесплатно японский архитектор Арата Исодзаки. Музей японского искусства и техники Манггха был торжественно открыт 30 ноября 1994 года.
Творчество режиссёра отмечено премиями «Оскар» (2000), «Сезар» (1982), «Феликс» (1990), а также рядом престижных международных премий в Японии, Италии, Греции; Вашингтонский и Ягеллонский университеты присвоили ему звание почётного доктора.