Существует распространённая версия о том, что А. Муо нашёл заброшенный среди джунглей древний город, но это лишь красивая легенда. Ангкор-Ват никогда не был полностью заброшен, в нем всегда жили и живут монахи. Сам А. Муо в своих записках о путешествиях упоминал, что ещё лет за пять до его приезда в Ангкор-Вате бывали другие европейские исследователи и в том числе французский миссионер Шарль-Эмиль Буйево, опубликовавший свой отчёт в 1857 году: «Путешествие в Индокитай 1848—1856», «Аннам и Камбоджа».
В 1858 году А. Муо совершил из Бангкока четыре путешествия вглубь Сиама, Камбоджи и Лаоса. В январе 1860 года он достиг храмового комплекса Ангкор-Ват. Он описал этот визит, оставив подробнейшие записи о трёхнедельном пребывании и зарисовки, которые затем вошли в его посмертно изданную книгу.
Умер Анри Муо в 1861 году от малярии, в своей четвёртой экспедиции по Лаосу. Был похоронен там же, вблизи столицы Луанг-Прабанг, месторасположение его гробницы известно и сейчас.