Родился под последними бомбежками Второй мировой. Собирался учиться праву, литературе, языкознанию, но склонился к искусству, учился во Фрайбурге, Карлсруэ, Дюссельдорфе. В 1969 прославился провокационной инсталляцией в одной из галерей Карлсруэ, обращавшей внимание зрителей на живучесть нацизма (на фотографиях он отдавал нацистское приветствие на фоне символических достопримечательностей крупнейших городов Европы). Позднейшее творчество Кифера продолжило данную линию: это аналитическая работа с наиболее общими и глубинными символами немецкого духа от Нибелунгов до Гитлера, мифами великой миссии германского народа, особого пути Германии, великого вождя и т. п. Среди учителей Кифера был Йозеф Бойс.
Крупнейший из художников послевоенной Германии. Главная болевая точка творчества Кифера — Холокост как воплощение германской катастрофы. Испытал воздействие философии каббалы, мистики и алхимии Роберта Фладда, других духовидцев. В 1990-2000-х годах создал серии работ, внушенных творчеством Пауля Целана, Ингеборг Бахман, Велимира Хлебникова. Выступает как театральный художник и художник книги.
Работы Кифера находятся в крупнейших музеях Европы, США, Австралии.