Эрцгерцог Антон Виктор был восьмым сыном императора Леопольда II и его жены Марии Луизы, урождённой принцессы Испанской. На момент рождения принца его отец был великим герцогом Тосканы. После избрания отца императором Антон Виктор прибыл к венскому двору. В 1792 году в возрасте 13 лет в течение трёх месяцев потерял обоих родителей.
После смерти курфюрста Кельна и епископа Мюнстера, эрцгерцога Максимилиана Франца , он был избран 9 сентября 1801 года епископом Мюнстера и 7 октября курфюрстом-архиепископом Кельна. Однако править ему не пришлось в силу политических обстоятельств. После подписанного 9 февраля 1801 года мирного соглашения в Люневилле начался процесс передела земельных владений в западной и южной Германии. В марте 1803 года на заседании Регенсбургского рейхстага было принято итоговое постановление Имперской депутации (Reichsdeputationshauptschluss), изменившее внутреннее устройство империи. В результате секуляризации число германских князей-епископов сократилось с 81 до 3. Кроме того, гессенский герцог Людвиг X аннексировал герцогство Вестфалия.
В 1804 году Антон Виктор занял должность Великого магистра Тевтонского ордена. С 1816 по 1818 годы Виктор Антон был вице-королём Ломбардо-Венецианского королевства. На этом посту его сменил младший брат, эрцгерцог Райнер Иосиф. Позднее он не принимал участия в политической деятельности.
Эрцгерцог Антон Виктор не был женат и потомства не оставил. Скончался в Вене и был захоронен в Императорском склепе.