Первую часть своей футбольной карьеры провёл в родном для себя «Лечче», однако добиться с ним каких бы то ни было успехов не смог. В 1992 получил приглашение от туринского «Ювентуса», и на последующие двенадцать лет стал его неизменным талисманом. Одно время также носил капитанскую повязку, однако в 1998 вследствие «революции», устроенной Марчелло Липпи, был вынужден отдать её Алессандро Дель Пьеро. Тем не менее Конте продолжал оставаться духовным лидером команды, что неизменно доказывал в тяжелые для неё времена.
Так, в 1999 году, когда Дель Пьеро выбыл из строя, именно Конте повел за собой всех «ювентино». Именно он забил победный для Старой Сеньоры гол в ворота «Олимпиакоса» в 1/4 финала Лиги чемпионов, позволив тем самым Ювентусу сыграть в полуфинале против «Манчестер Юнайтед».
Антонио Конте — вот решение всех проблем. Когда ситуация становится угрожающей, когда надежда тает окончательно, он берет дело в свои руки. (Карло Анчелотти)
9 октября 1996 карьера Антонио Конте едва не прервалась, когда он получил серьёзное повреждение в матче отборочного цикла Чемпионата Мира 1998 против команды Грузии. Однако игрок нашёл в себе силы вернуться на поле и, несмотря на пропущенный мундиаль, вновь заиграл в национальной сборной. Рецидив повреждения случился в июле 1998, а летом 2000 Конте завоевал серебро Евро-2000. В том же году Антонио объявил об уходе из Скуадры Адзурры.
Выступления в «Юве» футболист завершил в 2004. За двенадцать лет, отданных клубу, он завоевал с ним практически все трофеи современного клубного футбола.
В настоящий момент Антонио Конте работает тренером. Руководимый им «Бари» в сезоне 2008—2009 выиграл чемпионат в серии B, но из-за разногласий с руководством клуба по вопросам трансферной политики Конте не стал продлевать контракт и покинул клуб.
21 сентября 2009 года Антонио Конте стал главным тренером «Аталанты». 7 января 2010 года он был уволен со своего поста.