Антонио родился в городке Кремона в Миланском герцогстве. Когда ему было два года его отец умер и он воспитывался матерью. В раннем возрасте Антонио принял обет целомудрия. Он изучал философию в университете города Павия, а с 1520 году учил медицину в университете Падуи. После окончания обучения Антонио осуществлял практику в качестве врача в родной Кремоне в течение трёх лет.
В 1527 году Антонио начал религиозное обучение, чтобы в дальнейшем получить сан священника. Благодаря его широким знаниям и хорошему христианскому воспитанию через год он был уже рукоположён. В последующие два года она работал в больницах и учреждениях для бедняков, а в 1530 году стал духовным наставником графини Людовики Торелли из Гвасталлы, вслед за которой переехал в Милан. Там он основал три религиозных ордена: для мужчин (Регулярные клирики святого Павла, более известные как Варнавиты), для женщин (Ангельские сёстры св. Павла) и для женатых мирян. Их основной целью была духовная реформа декадентского общества того времени.
Со временем варнавиты стали подвергаться критики в злоупотреблением церковью, а самого Дзаккария, как основателя ордена, дважды исследовали на ересь, и оба раза он был оправдан. В 1536 году он покинул пост управленца орденом и отправился в город Виченце, где реформировал два женских монастыря. В Виченца Антонио популяризировал среди мирян некоторые забытые церковные традиции, в том числе звон церковных колоколов в 3 часа дня по пятницам, в память о распятии Христа.
В 1539 году, во время поездки в Гвасталлу, Заккария подхватил лихорадку. Его здоровье стало резко ухудшаться и 5 июля того же года он умер в Кремоне в возрасте 37 лет.
Антонио был похоронен в монастыре Ангелике-ди-Сан-Паоло в Милане. Спустя 27 после смерти его тело оказалось нетленным. Позже он был перенесён в церковь апостола Варнавы в Милане, где находится поныне.
Вскоре после смерти Антонио был признан святым среди варнавитов, но его культ не был подтверждён до 3 января 1890 года, пока папа Лев XIII не беатифицировал его. Спустя семь лет, 27 мая 1897 году, тот же понтифик канонизировал Антонио Мария Дзаккария. Его память в католической церкви совершается 5 июля.