Родился в 19 октября 1956 году в Шатойском районе ЧИ АССР. Выходец из тейпа Аллерой. Из того же тейпа был Аслан Масхадов.
Окончил Ленинградскую школу милиции.
В 1994 году — начальник поселкового отделения милиции ст. Ищёрской Наурского района Чечни. Дослужился до звания майора милиции. Первый военный комендант районного (Наурский район) масштаба в истории ЧРИ.
Во время Первой чеченской войны — полевой командир ВС ЧРИ. Отвечал за оборону Наурского района, однако со своей задачей не справился — район был взят практически без боя. Был командиром Наурского батальона, батальон держал оборону президентского дворца в районе педагогического института в Грозном с 4 до 18 января 1995 года.
Был заместителем начальника Главного штаба ВС ЧРИ Аслана Масхадова. С 3 декабря 1996 по апрель 1997 — начальник Главного штаба ВС ЧРИ.
Бригадный генерал, награжден высшим орденом ЧРИ «Коман Сий» (Орден «Честь Нации»)
С апреля 1997 года по июль 1997 года первый заместитель директора — начальник управления контрразведки НСБ ЧРИ. Для укрепления своей власти Масхадов привел Баталова в национальную службу безопосности ЧР, назначив заместителем Абу Мовсаева, друга и сторонника Басаева.
Затем 19 июля 1997 года Мовсаев был уволен с этой должности «по собственному желанию» и Баталов был назначен руководителем Национальной службы безопасности ЧРИ. В этой должности он проработал с 19 июля по 27 декабря 1997.
С июня 1998 до осени 1999 — руководитель администрации президента ЧРИ. На этом посту показал себя противником ваххабизма, Шамиля Басаева и Хаттаба. Осудил нападение боевиков на Дагестан в августе 1999 года, назвав его губительным для Чечни.
С началом Второй чеченской войны — ответственный за оборону Наурского района и начальник гвардии президента ЧРИ. Как и в Первую чеченскую войну, боевики Баталова не смогли противостоять федеральным силам.
В январе 2000 года Баталов сложил с себя полномочия, распустив «президентскую гвардию».
В апреле 2000 года Апти Баталов был задержан в ходе спецоперации в юго-западной части Шалинского района Чечни. 14 апреля он был помещён в СИЗО «Лефортово».
В апреле 2000 года газета «Коммерсантъ» писала: «Баталов — это не обычный полевой командир. Он уже не раз доказывал своё нежелание воевать против федералов и, в отличие от уже арестованного Салманова Радуева, за ним не числится громких преступлений».