Родился в семье дьячка Екатеринославской епархии. Окончил Екатеринославскую духовную семинарию.
В 1885 году окончил Московскую Духовную Академию со степенью кандидата богословия и с правом получения степени магистра без нового устного испытания.
В 1886 году был назначен на должность учителя в Херсонское Духовное училище и вместе с тем с июня 1890 года состоял противоштундистским миссионером Херсона.
В 1890 году представил в Совет Московской Академии на соискание степени магистра богословия сочинение «Церковно-законодательная деятельность Карла Великого».
В 1891 году был утверждён Святейшим Синодом в учёной степени магистра богословия.
В марте 1902 года был пострижен в монашество с именем Алексий и в том же году рукоположён во иеромонаха; в августе назначен инспектором Ставропольской Духовной семинарии.
В сентябре 1903 года получил назначение на должность ректора Литовской Духовной семинарии с возведением в сан архимандрита.
30 мая 1904 года в Харьковском кафедральном соборе был хиротонисан во епископа Сумского, викария Харьковской епархии. Хиротонию совершали архиепископ Харьковский Арсений (Брянцев), епископ Таврический Николай (Зиоров), епископ Екатеринославский Симеон (Покровский) и другие. На хиротонии присутствовало множество народа, желавшего видеть впервые для Харькова совершавшееся торжество.
С 18 июля 1905 года епископ Елисаветградский, викарий Херсонской епархии; с 27 августе того же года — епископ Чистопольский, первый викарий Казанской епархии; 5 сентября был назначен ректором Казанской Духовной Академии.
С 17 января 1912 года — епископ Саратовский и Царицынский.
Являлся почётным членом «Казанского Общества Трезвости» и избирался членом Совета Казанского отдела Русского собрания.
20 июля 1914 года — архиепископ Владимирский и Суздальский (с 24 марта 1916 — Владимирский и Шуйский).
Весною 1917 года съезд духовенства и мирян епархии потребовал удаления архиерея за «деспотическое» управление и грубое обращение с духовенством, а также в связи с обвинениями в близости к Г. Е. Распутину. Св. Синод был вынужден уволить его на покой и назначить выборы епископа. По их результатам Владимирскую кафедру занял архиепископ Сергий (Страгородский).
Осенью 1917 года самовольно поселился в Киево-Печерской лавре и, при поддержке Центральной Рады, пытался захватить церковную власть в Киеве и объявить автокефалию на Украине, возглавив Всеукраинскую церковную раду. Выступал против митрополита Киевского Владимира (Богоявленского) († 25 января 1918); однако новым митрополитом Киевским и Галицким после гибели последнего был избран не он, а митрополит Харьковский Антоний (Храповицкий).
Скончался в 1919 году в Новороссийске; был отпет архиепископом Евлогием (Георгиевским).