Родился 17 ноября 1901 года в селе Доросиси, Волынской губернии, в семье священника.
Окончил Мацновское духовное училище, затем Житомирскую духовную семинарию и Житомирское пастырское училище.
После революции в эмиграции в Польше в связи с изменением государственных границ.
В 1922 году рукоположен в сан диакона и священника епископом Волынским Аверкием и служил на приходах Житомирской епархии.
С 1937 года находился на гражданской службе.
С 1941 года — благочинный Житомирского округа.
С 1947 года — настоятель Никольского собора в Бердичеве и благочинный округа.
С 1955 года — настоятель Михайловской церкви в Житомире, затем епархиальный ревизором и секретарь архиепископа Житомирского.
10 июня 1958 году пострижен в монашество, а 11 июня того же года возведён в сан архимандрита.
15 июня 1958 года хиротонисан во епископа Полтавского и Кременчугского.
С 23 ноября 1960 года по 16 марта 1961 года временно управлял Харьковской епархией.
С 19 июля по 14 ноября 1961 года временно управлял Симферопольской епархией.
С 14 августа 1961 года — епископ Днепропетровский.
С 14 ноября 1961 года — епископ Полтавский и Кременчугский.
С 30 марта 1964 года — епископ Винницкий и Брацлавский.
24 апреля 1966 году возведён в сан архиепископа и назначен временно управляющим Киевской епархией. 14 мая освобождён от временного управления Киевской епархией.
11 ноября 1975 года уволен на покой по болезни с назначением архиерейской пенсии. Местом жительства определен Одесский Успенский мужской монастырь.
В 1976 году здоровье Владыки Алипия ухудшилось, он ослеп и был прикован к постели.
Скончался 30 мая 1977 года. Отпевание 1 июня совершил митрополит Одесский и Херсонский Сергий. Погребен на монастырском кладбище Одесского Успенского монастыря.