Возможно был сыном воеводы Ядрея, погибшего в походе на Югру в 1194 году. Из Новгородской первой летописи известно:
Эти события последовали после его возвращения в 1208 (1209) году из паломничества в Константинополь. По сообщению проложного жития святителя Антония (сообщение жития считается не вполне надёжным) после его пострига преподобный Варлаам, основатель Хутынского монастыря, успел ему передать игуменство.
В январе 1210 года сторонниками князя Мстислава Мстиславича Удатного новгородский архиепископ Митрофан был изгнан с кафедры и на его место был избран Антоний. Его направили в Киев к митрополиту Матфею, который рукоположил его во епископа. В 1218 году после того как князь Мстислав окончательно покинул Новгород и переселился в Галич горожане сместили Антония с его кафедры и вернули архиепископа Митрофана:
Двух епископов направили в Киев чтобы митрополит Мефодий выбрал одного из них и утвердил новгородским архиеерем. В 1219 (1220) году митрополит назначил Митрофона архиепископом Новгородским, а Антония возвёл на Перемышльскую кафедру. Вероятно Антоний был первым перемышльским архиеерем и образование этой кафедры связано с влиянием князя Мстислава, в чьём владении находился Перемышль.
Новгородский епископ Митрофаний скончался в 1223 году. Его преемник Арсений не был рукоположен во епископа и согласно Киево-Печерскому патерику новгородская кафедра, несмотря на нахождение Антония в Перемышле, считалась «Антониевым местом». В 1225 году Перемышль заняли венгры и Антоний оставил свою кафедру. Согласно Первой Новгородской летописи зимой 1225—1226 годов «Приде архиепископъ Антонии ис Перемышля въ Новгородъ и с?де на своемь стол?, и ради быша новгородьци своему владыц?».
Весной 1228 года Антоний оставил кафедру и удалился в Хутынский монастырь. Причиной этого стала его болезнь начавшаяся 17 марта — «он?м? на святого Ольксия» то есть святитель полностью онемел и тем самым ему стало невозможным управлять епархией. Однако начавшиеся осенью того же года беспорядки в Новгороде прервали покой Антония:
Однако попытка организовать управление Новгородской епархией Антонием посредством этих двух помощников не удалась. В 1229 году новым новгородским архиепископом по жребию был выбран Спиридон, а Антоний вновь удалился в Хутынский монастырь на покой. Он скончался 8 октября 1232 года и был похоронен на Мартириевой паперти Святой Софии Новгородской.
Антоний дважды, еще до своего монашеского пострига, совершал паломничество в Константинополь — в 1200 и около 1208/9 года). Изначально, после смерти своего отца, он решил посетить Святую землю. Проходя через Галицко-Волынское княжество он встретился с князем Романом Мистиславовичем и в составе его посольства отправился в Константинополь. Прожив в столице Византии несколько лет он после его захвата крестоносцами в 1204 году покинул Константинополь и вернулся на Русь, так и не посетив Иерусалим.
Из своего паломничества он привёз в Новгород ряд святынь: ризы Феодора Стратилата, мощи Власия Севастийского, часть камня от гроба Иоанна Богослова, частицу Животворящего Креста, меру «гроба Господня» и мощи великомученицы Варвары. Частицу Животворящего Древа Антоний поместил в большой воздвизальный крест Софии Новгородской. Он украшен надписью «Господи, помози рабу Своему Антону, архи[епископ]у Новгородьскуму, давшюму […] крьстъ [Святои Со]фии».
На основе впечатлений от первого паломничества им была написана «Книга Паломник». Она известна в двух авторских редакциях и содержит сведения о святынях столицы Византии до её разорения крестоносцами в 1204 году. Только во второй редакции «Паломника» содержится краткая приписка о захвате Константинополя и его разграблении. Сочинение отличается лаконичным изложением и многочисленными легендарными подробностями, основанными на устных преданиях.
Книга сохранилась в девяти списках XVI—XVII веков, которые дают отдалённое представление об оригинальном тексте. Сочинение Антония является источником сведений о русско-византийских связях начала XIII века. «Книга Паломник» в рукописях часто содержится вместе с «Хождением игумена Даниила».
Местная канонизация святителя Антония вероятно произошла в 1439 году, когда было установлено празднование новгородским князьям и святителям, погребенным в Софийском соборе. День празднования Евфимий Новгородский установил на 10 февраля. Имя святителя Антония включено в «Описание о российских святых» конца XVII—XVIII веков. Местную канонизацию Антония подтвердило его включение в Собор Новгородских святых (празднование установлено 10 июля 1981 года).
Иконописные подлинники XVIII—XIX веков дают следующие указание по написанию икон святителя Антония:
По мнению В.Г. Пуцко к реликвиям, связанным с Антонием Новгородским, относятся поручи и Евангелие, хранившиеся в новгородском Хутынском монастыре, которые традиционно приписывали Варлааму Хутынскому.