Родился в семье священника. Окончил Калужскую духовную семинарию, Санкт-Петербургскую духовную академию (1903), кандидат богословия (1905).
С 1893 года — священник церкви села Истомино Тарусского уезда Калужской губернии. Преподавал Закон Божий в земской школе и открытой им женской воскресной школе. В 1896 организовал попечительство для борьбы с распространением секты хлыстов. В 1897—1899 был заведующим и законоучителем Бортниковской церковно-приходской школы. Овдовев, поступил в духовную академию, с 1905 был заведующим Обшаровской церковно-учительской школой в Самарской губернии.
17 марта 1907 года пострижен в монашество.
С 1907 года — помощник смотрителя Клеванского духовного училища.
С 1909 года — помощник смотрителя Зарайского духовного училища.
С 1911 года — смотритель Арзамасского духовного училища.
С 4 февраля 1913 года — смотритель Вольского духовного училища.
С 13 июня 1914 года — смотритель Торопецкого духовного училища.
С 12 августа 1914 года — ректор Саратовской духовной семинарии в сане архимандрита. Организовал работы по росписи интерьеров семинарской церкви и других саратовских храмов.
В 1919 года — настоятель Жёлтикова монастыря Тверской епархии.
С 21 ноября 1919 года — епископ Юрьевский, викарий Владимирской епархии.
С 9 декабря 1919 года — епископ Старицкий, викарий Тверской епархии.
С 14 сентября 1921 года — епископ Рыбинский, викарий Ярославской епархии.
В 1922 года арестован во время кампании по изъятию церковных ценностей и приговорён к 7 годам лишения свободы, в следующем году освобождён.
С июля 1923 года — архиепископ Рязанский и Зарайский вместо признавшего «обновленческий» Синод Рязанского архиепископа Вениамина (Муратовского). Восстановил деятельность епархиальной канцелярии и институт благочинных, что позволило организовать нормальное руководство епархией. Был последовательным противником обновленчества. Издавал машинописный журнал «Циркуляры» тиражом 70 экземпляров, в котором публиковались как официальные документы, так и отрывки из художественных произведений, рекомендации юриста, полезные советы и др. Всего до 1925 года вышли в свет 34 номера этого издания, распространявшегося по епархии в условиях, когда церковная печать находилась под запретом.
В январе 1924 года был арестован и выслан в Москву без права выезда. Жил под Москвой в посёлке Перловка, оттуда продолжая управлять епархией. В 1925 вернулся в Рязань, но в сентябре того же года был вновь арестован. Ему вменялись в вину создание «нелегальной» епархиальной канцелярии, выпуск и распространение «Циркуляров» и др. В марте 1926 особое совещание Коллегии ОГПУ приговорило архиепископа Бориса к трём годам ссылки в Нарымский край. Из-за обострившейся в тюрьме тяжёлой болезни — астмы — в июне 1927 это наказание было заменено ссылкой в Ярославскую область, а затем ему было разрешено вновь поселиться в посёлке Перловка, где он и скончался. До самой смерти продолжал руководит епархией, направляя своим подчинённым циркуляры, указы и распоряжения.
Похоронен на Пятницком кладбище Москвы.