Родился 30 января 1949 года в селе Шталовка Воронежской (ныне Белгородской) области в семье учителя. Отцовский род, по семейному преданию, возводил себя к воеводе Фёдору Ивановичу Кривому, князю Елецкому, который принадлежал к Черниговской ветви Рюриковичей и был ордним из военачальников во время Куликовской битвы; мать происходила из семьи старообрядца.
Детство провёл в городе Североморске Мурманской области.
В 1961 году семья переехала в Киев, где тайно от родителей, ночью, в частном доме принял крещение от священника Алексея Глаголева, известного тем, что в годы нацистской оккупации прятал евреев.
После окончания в 1966 году средней школы служил в Советской армии.
В 1970 году Анатолий Елецких поступил в Ленинградскую Духовную Семинарию, а затем в 1973—1976 гг. учился в Ленинградской Духовной Академии, обучаясь одновременно в регентском классе. Молодой семинарист много занимается пением, часто посещает репетиционный зал Академической Капеллы им. Глинки. Сближается с неформальным кружком художников авангардистов (Татьяной Глебовой, Валентиной Соловьёвой и др.). Он посещает частные выставки их картин, что в те времена считалось опасным. Был обвинён КГБ в распространении среди семинаристов книги «Архипелаг ГУЛАГ» Александра Солженицына и лишён временной ленинградской прописки. В течение года не мог найти нового места служения из-за препятствий, которые чинил КГБ.
В 1976 году митрополитом Ленинградским и Новгородским Никодимом (Ротовым) пострижен в монашество с именем Ионафан; рукоположён в сан иеродиакона.
В 1978 году епископом Выборгским Кириллом (Гундяевым), ректором Ленинградской духовной академии, был рукоположён в иеромонаха.
Окончил Академию со степенью кандидата богословия и был оставлен профессорским стипендиатом. Несколько лет преподавал церковное пение в Семинарии и в регентском классе, а также нёс послушание регента хора Ленинградских Духовных школ. В 1986 этот хор под его управлением осуществил запись грампластинки, где впервые были озвучены авторские произведения Ионафана.
С весны 1987 по июнь 1988 года — клирик киевского кафедрального Владимирского собора. С июня 1988 года — насельник возрождённой Киево-печерской Лавры, с 23 июля 1988 года — исполняющий обязанности наместника Лавры.
11 октября 1988 года Патриархом Пименом возведён в сан архимандрита, и 12 октября утвержден в должности наместника Киево-Печерской Лавры по благословению патриарха Пимена, указом митрополита Киевского и Галицкого Филарета (Денисенко).
Постановлением Патриарха Пимена и Священного Синода от 10 апреля 1989 года определено быть епископом Переяслав-Хмельницким, викарием Киевской епархии.
23 апреля 1989 года во Владимирском соборе Киева был хиротонисан во епископа сонмом архиереев во главе с митрополитом Филаретом (Денисенко).
В 1990 году назначен управляющим делами Украинского Экзархата.
Стал в жёсткую оппозицию Филарету (Денисенко), активно выступая против его курса на отделение от Московского Патриархата. Постановлением Синода Украинской Православной Церкви (Киевского патриархата) от 22 апреля 1991 года был лишён епископского сана сроком на 3 года. С 1991 по 1992 год находился без места служения.
3 июня 1991 года подал рапорт-апелляцию Патриарху Алексию II, в котором отверг обвинения в свой адрес и, в свою очередь, выдвинул обвинения против митрополита Филарета (Денисенко). В сентябре 1991 года на заседании Синода УПЦ МП под председательством митрополита Филарета был лишён сана «за нераскаянность».
В апреле 1992 года создал в Киеве «Комитет духовенства и мирян в защиту Православия».
После избрания митрополита Владимира (Сабодана) предстоятелем УПЦ МП решением Священного Синода УПЦ МП был восстановлен во всех должностях и назначен управляющим делами УПЦ МП.
С 1992 — епископ Белоцерковский, викарий Киевской епархии.
С 22 июня 1993 года по июль 2000 — вновь управляющий делами УПЦ (МП), постоянный член и секретарь Священного Синода УПЦ (МП).
С 29 декабря 1993 — епископ Глуховский и Конотопский.
28 июля 1994 года Предстоятелем УПЦ (МП) митрополитом Киевским и всея Украины Владимиром (Сабоданом) удостоен сана архиепископа.
С 27 августа 1995 года — архиепископ Сумской и Ахтырский.
С апреля 1999 года — архиепископ Херсонский и Таврический.
С 22 ноября 2006 года — архиепископ Тульчинский и Брацлавский.
В 2006 во время «тройной ротации» епископов, переведён в Тульчинскую епархию (Тульчинский епископ был отправлен в Закарпатье, а закарпатский — в Херсон).
Архиепископ Ионафан — автор церковных сочинений и переложений духовных песнопений, вошедших в сборники «Христос рождается» (1993), «Степенные антифоны утрени» (1994) и «Православные церковные хоры» (1995). Часть сочинений и переложений записана на компакт-диск «Традиционные и новые песнопения Православной Церкви». Некоторые другие духовно-музыкальные сочинения архиепископа Ионафана также были опубликованы и записаны на компакт-диски: «Степенные антифоны древних напев», «Чертог Твой» (до минор), «Плотию уснув» (ля минор), «Ныне силы небесные», валаамский напев, «С нами Бог», соловецкий напев, (соль минор), «Покаяния отверзи ми двери» зн.р. (Си-бемоль мажор), «Величит душа Моя Господа» (ре минор) и др. Ионафан выпустил компакт-диск с звукозаписью его «Литургии Мира», в которой гимны православной Литургии св. Иоанна Златоуста были распеты на мелодии григорианского хорала.
Музыкально-исследовательскую деятельность архиепископа Ионафана дополняет поиск малоизвестных духовных сочинений послереволюционного периода и украинских монодий XVI—XIV столетий, целью которой является сохранение духовного наследия православной культуры.
Научно-литературная деятельность архиепископа Ионафана представлена кандидатской диссертацией, в которой прослежены жизнь и деятельность византийского поборника православного иконопочитания IX столетия преп. Феодора Студита, стихами на религиозную тематику. Он — автор ряда статей, которые публиковались в церковной печати на Украине и за рубежом.
В 2003 году архиепископ завершил пятилетний труд по переводу на русский язык обширной духовной поэмы VII века — Покаянного Великого Канона св. Андрея Критского. Канон был опубликован издательством Херсонского Государственного Университета при содействии ректора, профессора Ю. И. Беляева.
В 2004 году издательство Херсонского Государственного Университета выпустило обширный нотный сборник «Осанна», в который вошли его духовно-музыкальные переложения, оригинальные сочинения, патриотические гимны и стихи, а в 2005 году расширенное и корректированное автором издание этого сборника, под названием «Тебе поем» в двух томах с включением в него малоизвестных хоровых концертов В. Фатеева, ученика Римского-Корсакова.
В этом же издательстве был напечатан «Толковый путеводитель по молитвословиям Божественной Литургии святителей Иоанна Златоуста и Василия Великого» с опытом изложения молитвословий Литургии на русским и украинском языках, с большим историко-богословским комментарием и рядом евхаристилогических статей известных богословов.
Ионафан (Елецких) впервые на Украине открыл в сети Интернет официальный сервер Украинской православной церкви «Православие на Украине».
Награждён церковными орденами: