Николай Кириллович родился в 1817 году в Рязанской губернии.
Духовное образование получил в Рязанской духовной семинарии, где был одним из лучших учеников, за что и был послан в 1839 году за казённый счет в Московскую духовную академию, курс которой окончил в 1842 году по I разряду и определен был в Нижегородскую духовную семинарию преподавателем логики, психологии и латинского языка. В 1846 году он принял монашество под именем Макария.
В 1853 году Макарий возведён в сан игумена и по распоряжению митрополита Филарета был назначен членом Синодального комитета, образованного для составления охранных описей церковных древностей, после чего был командирован в Вологду, Ярославль, Кострому и Владимир, для изучения важнейших хранилищ церковных древностей в епархиях.
В 1854 году Макарий возведен в сан архимандрита с присвоением ему лично степени настоятеля третьеклассного монастыря и по назначению Священного Синода отправляется для разбора архива Софийского собора. Здесь он написал двухтомный труд «Археологическое описание церковных древностей в Новгороде и его окрестностях». В I томе он указал сведения и описания 64 новгородских и пригородных церквей и монастырей (издан в 1860 году). Во втором томе — описания предметов, обладавших исторической и художественной ценностью (иконы, кресты, лицевое шитьё, облачение). Тогда же Макарий написал «Сказание о трудах и жизни Гавриила, Митрополита Новгородского».
В 1856 году Макарий был удостоен Ордена Святой Анны 2-й степени. А в 1857 году ему была объявлена Высочайшая благодарность Его Императорского Величества за книгу «Сказание о жизни и трудах Преосвященнейшего Гавриила, Митрополита Новгородского и Санкт-Петербургского».
В 1860 году Макарий был назначен ректором Новгородской духовной семинарии, которую возглавлял до 1866 года. За этот период им были написаны еще несколько трудов о новгородских древностях: «Путеводитель по Новгороду с указанием его церковных древностей и святынь», «Церковно-историческое и статистическое описание Старой Руссы», «Описание новгородского Юрьева монастыря», «Описание Хутынского монастыря», «Описание новгородского архиерейского дома».
Макарий известен также свой блестящей речью в 1862 году, при открытии памятника «Тысячелетие России». Им также написано большое количество биографических очерков, посвященных деятелям православной церкви, в том числе Тихону Задонскому.
17 июня 1866 года, по Высочайше утвержденному докладу Святейшего Синода, архимандрит Макарий назначен епископом Балахнинским, викарием Нижегородской епархии. Однако пробыл на этом посту всего лишь год: 29 августа 1867 года по именному Его Императорского Величества указу, данному Святейшему Синоду, повелено ему быть епископом Орловским и Севским.
Орловскую кафедру преосвященный Макарий занимал до декабря 1876 года. С 25 декабря 1876 года — епископ Архангельский и Холмогорский. С 23 мая 1879 года — епископ Нижегородский и Арзамасский. С 7 июня 1885 года — епископ Вятский и Слободский.
5 декабря 1887 года переведен архиепископом Донским и Новочеркасским.
30 апреля 1894 года уволен на покой, согласно прошению, в Нижегородский Благовещенский монастырь.
В 1870 году Преосвященный Макарий удостоен звания действительного члена Общества восстановления Православного Христианства на Кавказе и получил от этого общества орден св. Нины 2-й степени. 28 марта 1871 года Всемилостивейше сопричислен к ордену св. Анны 1-й степени. В 1872 году избран Почетным членом Московской духовной академии и Московского братства св. Петра Митрополита. Пастырские речи епископа, произнесенные за время пребывания его на архиерейской кафедре в Орле, впоследствии были изданы неоднократно, в том числе и в Москве.
Похоронен был в Алексеевском храме Нижегородского Благовещенского монастыря.