Происходил из дворянского рода Половцевых. С молодости в совершенстве владел французским, немецким и английским языками, после принятия монашества, прекрасно изучил греческий, латинский и сирийский языки. Окончил Михайловскую артиллерийскую академию, находился на военной службе. С юности мечтал о монашестве. В 1847 тяжело заболел и дал обет в случае выздоровления уйти в монастырь, что и сделал.
С 15 марта 1847 — послушник Козельской Введенской Оптиной пустыни Калужской епархии.
29 апреля 1855 пострижен в монашество.
С 11 июля 1857 — иеромонах.
22 октября 1857 вместе с иеромонахом Леонидом (Кавелиным) стал членом Русской духовной миссии в Иерусалиме.
С 10 октября 1861 — игумен, настоятель Глинской Рождество-Богородицкой пустыни Курской епархии.
С 8 мая 1862— настоятель Коренной Рождество-Богородицкой пустыни Курской епархии.
С 15 августа 1862 — архимандрит.
С 21 декабря 1867 — наместник Свято-Троицкой Александро-Невской лавры.
26 июня 1871 был уволен по болезни на покой в Оптину пустынь.
С 21 мая 1884 — наместник Киево-Печерской лавры.
С 25 октября 1892 — епископ Балахнинский, викарий Нижегородской епархии.
С 3 сентября 1893 — епископ Курский и Белгородский.
С 7 марта 1898 — архиепископ Литовский и Виленский.
В 1899 стал почётным членом Казанской духовной академии.
Был похоронен в Свято-Духовом монастыре Вильнюса.
Являлся духовным сыном и учеником оптинского старца Макария (Иванова), был связан тесными узами с оптинским игуменом Исаакием (Антимоновым), биограф настоятеля Оптиной пустыни архимандрита Моисея (Путилова) — все эти старцы были в 2000 году причислены к лику святых Русской православной церкви. В Оптиной пустыни занимался подготовкой к печати произведений аскетической литературы, переводом с новогреческого языка на русский книги преподобного Дамаскина.
При наречении в епископы архимандрит Ювеналий произнёс речь, в которой говорил о значении монашества и его влиянии на религиозно-нравственную жизнь народа. Был единственным архиереем — учеником Оптинских старцев. Во время его пребывания на Литовской кафедре в Вильно был построен трёхпрестольный Знаменский храм (освящён в 1903), также выстроены семь новых, отремонтированы девять и испрошены пособия на строительство тринадцати новых храмов, что способствовало развитию православия в Литве. Несмотря на преклонный возраст, сам старался возглавлять все воскресные и праздничные богослужения. Не любил помпезности (посещал храмы в сопровождении только одного иерея и диакона), но при этом уделял много внимания торжественности богослужений, считая, что это положительно воспринимается верующими. В 1900 году из Литовской епархии была выделена Гродненская, что в три раза сократило численность паствы архиепископа Ювеналия.
Митрополит Мануил (Лемешевский), составитель биографий русских архиереев, дал ему следующую характеристику: