Родился 1 марта 1953 года в селе Городно Любомльского района Волынской области в крестьянской семье.
После окончания средней школы в 1971—1973 годах служил в рядах Советской Армии. Работал слесарем в Ковельском вагонном депо.
В 1975 году поступил в Одесскую духовную семинарию, которую окончил в 1979 году. В том же году поступил в Московскую духовную академию, которую окончил в 1983 году со степенью кандидата богословия. Его курсовое сочинение было написано на тему «Нямецкий монастырь в истории Русской и Румынской Церквей».
Исполнял послушание иподиакона епископа Подольского Никанора.
16 октября 1983 года архиепископом Волынским Дамианом был рукоположен в сан диакона.
18 октября 1983 года — в сан пресвитера.
С 25 октября 1983 года — настоятель Преображенского храма в поселке городского типа Старая Выжевка Волынской области.
С 10 марта 1989 года — секретарь Волынско-Ровенского епархиального управления, клирик Свято-Троицкого кафедрального собора города Луцка.
15 апреля 1989 года возведён в сан протоиерея; с 30 августа 1989 года — настоятель Луцкого кафедрального собора.
22 декабря 1989 года пострижен в монашество с именем Варфоломей в память святого апостола Варфоломея.
18 января 1990 года архиепископом Варлаамом возведён в сан архимандрита.
Согласно определению Священного Синода Русской Православной Церкви от 19 февраля 1990 года отец Варфоломей был избран епископом Волынским и Ровенским.
24 февраля 1990 года состоялась его архиерейская хиротония во Владимирском кафедральном соборе в Киеве.
С 16 октября 1990 года стал ректором Волынской духовной семинарии.
В августе 1992 года раскольниками-автокефалистами при негласной поддержке местной власти были захвачены Луцкий кафедральный собор, епархиальное управление и здания духовной семинарии. После этого, 25 августа того же года, по своему прошению, епископ Варфоломей был перемещён на Николаевскую и Вознесенскую епархию.
С 23 июня 1993 года — епископ Сумской и Ахтырский.
С 27 июля 1995 года — на Ровенской кафедре, бывшей ранее частью возглавляемой им Волынской епархии.
23 ноября 1996 года возведён в сан архиепископа.