В русской прессе и среди образованного духовенства имел репутацию «распутинца», то есть ставленника Григория Распутина — наряду с рядом других иерархов, также смещённых с кафедр сразу после падения монархии в России. В 1915 году приобрёл скандальную известность в связи с делом о канонизации Ионна Максимовича.
Родился в семье крестьянина, обучался только в Петрозаводском городском училище.
С молодых лет чурался «мирских развлечений», был пламенным ревнителем православия, хорошо начитанным в святоотеческих творениях, любимцем приходского духовенства, «возлюбленным чадом» церкви у местных олонецких архипастырей.
36-и лет поступил послушником Клименецкого монастыря Олонецкой епархии. 13 июля 1897 года принял монашеский постриг в Клименецком монастыре с именем Варнава; 11 апреля 1898 года году рукоположён во иеродиакона епископом Павлом (Доброхотовым); 12 апреля того же года — во иеромонаха.
С 11 февраля 1899 года — управляющий Клименецким монастырём; с 30 сентября того же года — настоятель Клименецкого монастыря.
18 июня 1904 года возведён в сан игумена; с 18 февраля 1905 года — настоятель второклассного Палеостровского монастыря, с возведением в сана архимандрита (13 марта 1905). 16 марта 1905 года — благочинный Клименецкого монастыря.
6 марта 1908 года, по ходатайству митрополита Московского Владимира (Богоявленского), назначен на должность настоятеля Коломенского Ново-Голутвинского монастыря; чрез 2 года перемещён в первоклассный Старо-Голутвинский монастырь.
Происхождение Варнавы из простого народа позволяло ему вести простые задушевные беседы с народом как в храме, так и вне, что стало причиной его популярности как в Коломне, так и в Москве. Горожане Коломны даже пошли к митр. Московскому и в Святейший Синод с ходатайством об открытии новой викариатской кафедры епископа Коломенского с возведением в этот сан архимандрита Варнавы.
12 августа 1911 года состоялось Высочайшее повеление о бытии ему епископом Каргопольским, викарием Олонецкой епархии, и управляющим Спасо-Преображенским в городе Каргополе монастырём; местопребывание его назначалось в Спасском монастыре Каргополя. 28 августа того же года в Успенском соборе Московского Кремля сонмом архиереев во главе с митрополитом Московским Владимиром (Богоявленским) хиротонисан во епископа.
Прибыл в Каргополь в воскресенье, 2 октября 1911 года; «посему был братский обмен приветствиями между архипастырями» (епархиальным архиереем был епископ Олонии Никанор (Надеждин)). Епархиальный орган печати отмечал по поводу учреждения 12 августа 1911 года Каргопольского викариатства: «Нельзя сказать, чтобы это учреждение вызывалось здесь обилием бумажного делопроизводства и сложностию епархиального управления. <…> но всё же служения, поучения, беседы, собрания, поездки викария вполне возможны и полезны. Если, к тому же принять во внимание и личность Пр. Варнавы, как известного высшим кругам и благотворителям столиц, как благоустроителя обителей и любителя церковной уставности богослужений, то нельзя не порадоваться за Олонию и за г. Каргополь. Слава Богу, что Государь даровал нам викариатство ранее многих других епархий.»
13 ноября 1913 года переведён на Тобольскую кафедру; 3 декабря того же года был принят императором Николаем II в Ливадии.
Находясь на тобольской кафедре, возбудил ходатайство пред Святейшим Синодом о прославлении бывшего митрополита Тобольского Иоанна Максимовича в лике святых. До официальной канонизации 5 октября 1916 года, 27 августа 1915 года совершил молебное пение (имея Высочайшую телеграмму, противоречиво гласившую: «Пропеть величание можно, прославить нельзя»), поминая «Иоанна» как святого, что повлекло разбирательство дела в Святейшем Синоде. Во время допроса в Синоде резко разговаривал с обер-прокурором Александром Самариным; Синод в сентябре 1915 года постановил уволить его от управления епархией. Император Николай II, по настоянию своей супруги, которая якобы требовала (по словам Шавельского Г. И.) карательных действия в отношении всех членов Синода, настроенных против Григория Распутина, а также увольнения обер-прокурора Самарина, отказался утвердить синодальное определение о нём, в ответ на что Самарин был вынужден подать в отставку.
В заседаниях Синода в конце ноября 1915 года, пересматривавших, согласно резолюции Николая II, дело Варнавы, последнего активно защищал новоназначенный Петроградский митрополит Питирим (Окнов); епископу Варнаве было решено сделать внушение. 11 декабря в Тобольск был командирован Синодом для производства нового освидетельствования мощей и проверки сведений о чудесах архиепископ Литовский Тихон (Беллавин) (впоследствии Патриарх Московский и всея России), на основании доклада которого Варнава был в значительной мере реабилитирован.
5 октября 1916 года был возведён во архиепископа с оставлением Тобольским и Сибирским.
Определеним Святейшего Синода от 7 — 8 марта 1917 года за № 1219 был уволен на покой с назначением управляющим, на правах настоятеля, Высокогорскою Воскресенскою пустынею в Нижегородской епархии. 10 декабря 1918 года уволен от управления монастырём; 3 июля 1919 года назначен настоятелем Макариева Троицкого Калязинского монастыря в Тверской епархии. В 1920 году определён на Архангелогродскую кафедру, но к месту назначения, по-видимому, по состоянию здоровья, не поехал.
Скончался 13 апреля 1924 года в Москве; 22 апреля был отпет Патриархом Тихоном в церкви Покрова в Филях, в ограде которой был погребён.
Журнал «Русскій Паломникъ» в анонимной статье вскоре после его назначения в Тобольск писал: «В синодальный период жизни Церкви, когда широкое просвещение и богословское образование сделались необходимою привилегией-цензом епископского сана, — епископство нового тобольского преосвященного-простеца является исключенительным событием, которое, может быть, знаменует собою поворотный момент в жизни Церкви, если, конечно, этот первый опыт с назначением епископа из простецов-начётчиков даст на этот счёт свои положительные показания.»
После Февральской революции, в апреле 1917 года, член Государственного Совета, член Совета Русского Собрания профессор-протоиерей Тимофей Буткевич писал в передовице официального издании Святейшего Синода «Церковный В?стникъ», которое он редактировал: «<…> Особенно тяжело сказалось влияние Распутина на царя в жизни Православной церкви. <…> И церковью управлял, собственно, Распутин. Он назначал обер-прокуроров Св. Синода из лиц, лизавших его руки. Своих единомышленников он возводил на митрополичьи (м.м. Питирим и Макарий) и архиепископские кафедры. Огородник Варнава, не умевший написать грамотно двух слов, гнавший науку и просвещение, был возведён в сан архиепископа! Где и когда была доводима Православная Церковь до такого позора?!»
Известно, что Григорий Распутин звал его «сусликом».
Многие его проповеди помещались в «Тобольских Епархиальных Ведомостях».