Родился в семье православного священника Волынской епархии. Окончил Мелецкое духовное училище (1876), Волынскую духовную семинарию (1882, первым в выпуске), Киевскую духовную академию со степенью кандидата богословия (1886).
В 1886—1887 годы был оставлен при академии для приготовления к профессорскому званию. Магистр богословия (1890; тема диссертации: «Лжеучения, обличаемые в первом послании святого апостола Иоанна»). Доктор богословия (1904; тема диссертации: «Послание святого апостола Павла к Ефесянам. Исагогико-экзегетическое исследование»).
Почетный член Московской духовной академии (1914), Петроградской духовной академии (1915), Казанской духовной академии (1915).
В 1887—1890 годах — исполняющий должность доцента кафедры Киевской духовной академии по кафедре истории древней и новой философии. В 1890—1897 годах — доцент по этой же кафедре.
В 1897—1902 — доцент по кафедре Священного Писания Нового Завета.
В 1902—1905 — экстраординарный профессор по этой же кафедре.
В 1905—1907 — сверхштатный ординарный профессор по первой кафедре Священного Писания Нового Завета.
В 1907—1912 — штатный ординарный профессор по той же кафедре.
С 1909 года — инспектор Киевской духовной академии.
С 1910 года, одновременно, главный редактор «Трудов Киевской духовной академии».
В 1909 году овдовел.
С 1910 года — диакон, затем священник, протоиерей.
С 1912 года — заслуженный ординарный профессор.
В 1913 года был пострижен в монашество, в том же году возведён в сан архимандрита.
С 29 июля 1914 года — ректор Киевской духовной академии. Возглавлял академию до её закрытия большевистскими властями.
С 6 августа 1914 — епископ Каневский, второй викарий Киевской епархии.
В 1918 году был тяжело болен из-за систематического недоедания и проживания в неотапливаемых помещениях, но оставался на посту ректора. Руководил деятельностью академии и после того, как у неё были изъяты учебные помещения — занятия проводились на дому у профессоров. Выступал против автокефалистского движения в украинском православии, но, в то же время, был сторонником определённых шагов навстречу сторонникам «украинизации» церкви, не нарушавших канонических норм (так, в 1920 присутствовал на богослужении, проводившемся на украинском языке). С 1918 — председатель Переводческого комитета при Киевской митрополии, задачей которого была работа над переводом Священного Писания и богослужебных текстов на украинский язык.
В 1921 подписал обращение православного епископата Украины к верующим с призывом не признавать решений «Украинского церковного собора Киевщины», провозгласившего автокефалию украинской церкви. В 1923 был арестован, отправлен в Москву, где содержался в Бутырской тюрьме. В 1923—1924 находился в ссылке в селе Ижма в Зырянском крае.
В 1924 году вернулся в Киев и был назначен епископом Прилуцким. С 1926 года — архиепископ Каневский, первый викарий Киевской епархии.
Скончался в Киеве — существует информация, что причиной его смерти стало сильное истощение, бывшее результатом голода. Был похоронен на кладбище Никольского мужского монастыря, позднее уничтоженном вместе с обителью.
В биографии владыки Василия, содержавшейся в труде митрополита Мануила (Лемешевского), даётся такая его характеристика:
Свои первые научные работы — «Учение о пастырстве в поучениях и посланиях русских митрополитов и епископов XII—XIV вв.» и «Разбор древних и новейших мнений, противных учению о Промысле Божием» — опубликовал в «Волынских епархиальных ведомостях» в 1885—1887, ещё будучи студентом академии.
Другие труды