Родился в 1832 году в Москве в семье диакона (позднее священника) церкви Спаса Преображения на Песках. Обучался в Московской духовной семинарии и после её окончания был назначен учителем, а с 1857 года — инспектором Перервинского духовного училища. 9 февраля 1864 года принял монашеский постриг с именем Никифор и 31 марта того же года назначен смотрителем Московского Донского училища. C 1876 года смотритель Перервинского духовного училища.
15 ноября 1878 года по собственному прошению был уволен от духовно-учебной службы и определён на проживание в Перервинский монастырь. 25 марта 1887 года был возведён в сан игумена. 25 ноября того же года назначен настоятелем московского Высоко-Петровского монастыря, а 12 декабря — возведён в сан архимандрита.
Состоял во многих общественных организациях:
Скончался в Москве в ночь на 15 декабря 1895 года.
Главным трудом архимандрита Никифора является Иллюстрированная полная популярная Библейская Энциклопедия, написанная им в 1890—1891 годы. Согласно предисловия Никифор имел целью дать ответы «почти на большую часть вопросов библейской археологии, архитектуры, астрономии, географии, биографии библейских деятелей, ботаники, священной библиографии, военной науки, зоологии, земледелия, искусств, минералогии, метеорологии, медицины, математики, нумизматики, педагогики, физики, этнографии и др». Составленная им энциклопедия включает около 7500 объяснений различных понятий из книг Ветхого и Нового Заветов.
Кроме энциклопедии архимандритом Никифором написано: