Родился в 12 октября 1953 года в городе Первомайске Николаевской области в семье известного чабана, Героя Социалистического Труда Михаила Николаевича Теодора. Окончил 8 классов Первомайской средней школы № 4. В 15 лет решил поступить в Одесское художественное училище, в котором с 1969 года. «Но где-то со 2-го курса я понял, что советским художником я не стану, потому что мне это совершенно претило; вообще, вся советская действительность у меня вызывала самое сильное отторжение — во всём». «Начинал с копий старых икон: когда по подлиннику, а больше — по репродукциям. В Одессе, как и в целом на юге, старые иконы — редкость, в церквах их практически нет, а провинциальные музеи весьма бедны и однообразны. Учителей иконописи в те времена не было, и потому технику иконы, каноны, художественные приемы и другие секреты иконописного ремесла приходилось осваивать самостоятельно».
В 1976 году, в возрасте 23 лет поступил в Псково-Печерский монастырь, где пострижен в монахи нынешним епископом Благовещенским и Тындинским Гавриилом. Посвящён в дьяконы. Прожил там два с половиной года, затем патриарх Пимен забрал его в Троицкую лавру, где иконописец прожил 7 лет, после чего запросился обратно в более тихий Псков. В Троицкой лавре отец Зинон написал иконостасы приделов в крипте Успенского собора, создал множество отдельных икон. После первого прошения архимандрита Зинона патриарх отправил его в 1983 году в Даниловский монастырь, где мастер работал ещё год, участвуя в восстановлении и украшении монастыря. Затем его отпустили в Печерский монастырь.
«Еще работая в Даниловом монастыре, архимандрит Зинон приобрёл известность как один из ведущих иконописцев России, и его стали активно приглашать в другие страны — он работал во Франции, в Ново-Валаамском монастыре в Финляндии, в Крестовоздвиженском монастыре Шеветонь в Бельгии, преподавал в иконописной школе в Сериате, в Италии и т. д.»
Является членом попечительского совета Свято-Филаретовского православно-христианского института.
Был главой иконописной школы Мирожского монастыря Пскова с момента её передачи РПЦ в 1994 году под условием, что там должна быть создана школа. Братством была восстановлена надвратная церковь во имя св. Стефана Первомученика (1996 г.), в ней совершались богослужения. О. Зинон создал здесь оригинальный каменный иконостас и написал для него образы Спасителя, Богородицы и святых в медальонах.
Школа оказалась в центре церковной дискуссии, когда о. Зинон разрешил католическому протоиерею Романо Скальфи, директору Центра «Христианская Россия» из Италии, отслужить в неосвященной часовне Спасо-Преображенского Мирожского монастыря, а в конце литургии причастился вместе с католиками.
Своим указом № 880 от 28 ноября 1996 года архиепископ Псковский и Великолукский Евсевий (Саввин) наложил прещения на иконописца и монахов монастыря Иоанна и Павла. «Я ему заявил, что раз он действует в нарушение своей присяги и не советуется с правящим епископом, то я не могу считать его клириком своей епархии. Виной всему — гордость», — пояснил свое решение архиепископ Евсевий. Архимандрит Зинон неоднократно подчеркивал, что терпеливо будет ждать, когда запрет будет отменен. Школу возглавил отец Алипий, у которого и обучались псковские художники. Около 2001 года в связи с отъездом отца Алипия художники покинули школу.
21 декабря 2001 года патриарх Алексий II подписал указ о снятии прещений, наложенных на архимандрита Зинона. Но возвращение отца Зинона в обитель не состоялось, как не смогли продолжить работу над иконами в стенах монастыря и художники. Им сообщили, что прием православных мирян для обучения иконописи прекращен. В начале февраля 2002 г. о. Зинон получил официальный документ из РПЦ МП о снятии с него всех дисциплинарных прещений — и прежде всего запрета на священническое служение, наложенного архиепископом Псковским и Великолукским Евсевием (Саввиным).
Поселившись после наложения прещения в деревне Гверстонь (на границе Псковской области с Эстонией), под руководством иконописца, небольшая община, сложившаяся вокруг отца Зинона, в течение 5 лет построила небольшой каменный храм в романском стиле. Также были оборудованы столярная мастерская и мастерская иконописца.
В 2005 году портал credo.ru писал о «фактическом запрете известного иконописца иеромонаха Зинона (Теодора), который не может официально выезжать из построенного им монастыря с иконописными мастерскими в деревне Гверстонь; о запрете в служении священника Владимира Андреева, единственная вина которого состояла в том, что он выразил в обращении на имя главы епархии РПЦ МП свое несогласие с преследованием отца Зинона». (В 1997 году псковский священник Владимир Андреев был выведен за штат с формулировкой «за порицание архиерея»).
Летом 2005 года отец Зинон выехал в Австрию, где намеревался провести около трёх лет. Два монаха, проживающие в отведённом под монастырь домике в деревне Гверстонь Псковской области, а также небольшая община, сложившаяся вокруг отца Зинона, остались предоставлены сами себе. В 2006—2008 году под его руководством выполнены росписи Никольского собора в Вене.
В 2008 году отец Зинон работал в греческом монастыре Симонопетра на Афоне, где расписывал храм.
24 сентября 2008 года «Псковская губерния» опубликовала статью Елены Ширяевой «Беседы без иконописца. Псковская епархия хранит тайну: кто, где и как „реставрирует“ иконостас работы архимандрита Зинона из Серафимовского придела Троицкого собора». В частности, она писала: «Если подтвердятся худшие опасения тех, кто тревожится за судьбу иконостаса Серафимовского придела, то запечатленная в книге пятнадцать лет назад псковская иконопись отца Зинона останется единственным свидетельством того, что эти иконы были».
5 ноября 2008 года в малом зале Псковского областного Собрания депутатов состоялся «круглый стол», на котором обсуждался вопрос о постановке на государственную охрану икон работы архимандрита Зинона. По решению участников «круглого стола», государственный комитет Псковской области по культуре приступил к формированию экспертной комиссии по оценке иконописного наследия архимандрита Зинона — с целью дальнейшей постановки его наследия под государственную охрану. Представители епархии это собрание проигнорировали. Доступа к иконам экспертная комиссия так и не получила. 15 января 2009 года Серафимовский придел открылся, и стало возможным увидеть иконостас. Он оказался «поновленным» — то есть записанным заново, живопись отца Зинона оказалась уничтоженной. Такое поновление связывают со стремлением главы епархии искоренить память о наказанном иконописце. Также имеется информация, что работы отца Зинона уничтожаются в трех храмах Псково-Печерского монастыря, в настоящий момент закрытых для посещения.
Архимандрит Зинон считается одним из продолжателей византийских традиций иконописания.
Архимандрит Зинон первоначально являлся сторонником обновленческих изменений православного богослужения, в частности замены церковнославянского языка в богослужении. Подписал Обращение от 10 апреля 1994 года с призывом к дискуссии по вопросу богослужебного уклада. Член попечительского совета СФИ (Свято-Филаретовский православно-христианский институт), созданного священником Георгием Кочетковым.
Со временем взгляды о.Зинона на богослужебный язык поменялись. В настоящий момент он за сохранение церковнославянского языка в качестве богослужебного.
В 1996 году киностудией «Леннаучфильм» был снят научно-популярный фильм «Лик», посвящённый деятельности архимандрита Зинона (режиссер- В. Матвеева, оператор - В. Петров)