Родился в семье еврейского коммерсанта. Проучившись 7 классов, был вынужден оставить школу, поскольку по нацистским законам евреям запрещалось учиться в школе и университете. В 1941 интернирован в концлагерь Терезиенштадт, позже переведен в Аушвиц, где в газовой камере погиб его отец, затем в Бухенвальд. В 1945 сумел бежать с «поезда смерти», который направлялся в Дахау: паровоз уничтожило бомбой, по ошибке брошенной с американского бомбардировщика. Лустиг вернулся с Прагу, принял участие в майском антинацистском восстании. Его мать и сестра возвратились из Маутхаузена.
После войны изучал журналистику в Карловом университете, потом работал на Пражском радио. Выступал с критикой коммунистического режима. В 1967, когда Чехословакия после шестидневной войны разорвала дипломатические отношения с Израилем (Лустиг был там в это время корреспондентом), он вышел из рядов коммунистической партии. Подвергался критике в советской печати как сионист.
Пережив разгром пражской весны, в 1968 покинул страну, жил в Югославии, в 1970 перебрался в США. После бархатной революции 1989 делил время между Прагой и Вашингтоном, где преподавал в Американском университете. Уйдя в отставку в 2003, поселился в Праге.
Скончался от рака 26 февраля 2011 года.
Все написанное Лустигом связано с темой Холокоста и его личным опытом лагерного существования, гибели близких. При этом героями его прозы чаще всего выступают молодые женщины, дети и старики. Лустиг утверждал, что он пишет о том, «как ведет себя человек под давлением, когда исчезают все конвенции, когда он предстает таким, каким он есть на самом деле».
Книги Лустига переведены на многие языки, включая японский. Он — лауреат премии министерства культуры «Друзья чешского искусства» (2006), премии Франца Кафки (2008).