Арон Белкин был пионером-первопроходцем исследований транссексуальности в СССР. Именно он разработал методические рекомендации и критерии диагностики транссексуальности в СССР. Длительное время только он занимался выдачей разрешений транссексуалам на хирургическую коррекцию пола.
Арон Белкин был одним из инициаторов создания Российской психоаналитической ассоциации (1990) и председателем её Правления (1990—1995). Долгое время он возглавлял «Российский психоаналитический вестник» (1991—1995) и «Психоаналитический вестник» (1995). Был соредактором возрождённой серии книг «Психологическая и психоаналитическая библиотека» (1992), первым вице-президентом Фонда возрождения русского психоанализа (с 1993), почётным президентом Русского психоаналитического общества (с 1995), вице-президентом Национальной федерации психоанализа.
С конца 1970-х годов, то есть ещё в советское время, Белкин последовательно выступал за декриминализацию гомосексуальности и ликвидацию ст. 121 УК РСФСР, каравшей за мужеложество, утверждая, что если гомосексуальность является болезненным, патологическим состоянием, то за неё не следует наказывать в уголовном порядке. Стоит особо отметить, что, не подвергая сомнению патологичность гомосексуальности, Белкин в то же время не предлагал какого-либо практического лечения гомосексуальности и считал таковое лечение невозможным либо ненужным.
В последние годы Белкин руководил Московским центром психиатрической эндокринологии на Старом Арбате и был главным психоэндокринологом Минздрава РФ, то есть главным специалистом по проблемам транссексуальности. Руководил отделением психиатрической эндокринологии в Московском научно-исследовательском институте психиатрии Министерства здравоохранения Российской Федерации.
Арон Белкин — автор многих книг, изданных преимущественно в последнее десятилетие:
Особое место среди его трудов занимает книга «Третий пол». Предметом исследования стали в ней психологические аспекты транссексуальности, гомосексуальности и интерсексуальности.