Дебютировал за основной состав «Спартака» 16 ноября 2008 года, в матче предпоследнего, 29-го тура чемпионата России против команды «Луч-Энергия» во Владивостоке. 27 ноября 2008 года он дебютировал в Кубке УЕФА в матче против загребского «Динамо». Всего в 2008 году он провёл 2 матча в чемпионате России и 3 матча в Кубке УЕФА.
15 июля 2009 года дебютировал в Кубке России в матче против клуба «Краснодар». В этом матче он забил гол и получил жёлтую карточку.
20 января 2010 года был отдан в аренду в клуб «Салют», однако 24 февраля стало известно, что белгородцы решили отменить арендное соглашение с Малояном. Сезон 2010 провел в «Урале», на правах аренды.
27 декабря 2010 год Малоян был арендован брянским «Динамо».
В конце мая — начале июня 2011 года получил травму, выбыв до конца сезона 2011/12, причём восстановление потребовало проведения операции.