После сезона 2007 года завершил свою игровую карьеру и приступил к тренерской деятельности. Первым местом работы Пагаева в его новом качестве стал клуб «Анжи» (Махачкала), который на тот момент выступал в первом дивизионе России, где он проработал до марта 2010 года.
Является рекордсменом «Алании» по количеству проведённых игр за клуб в высшей лиге чемпионата России — 289. По этому показателю занимает 12-е место в общем списке всех игроков выступавших в чемпионатах России.
В 1998 году сыграл 2 матча за сборную России. Также в 1997 году сыграл за сборную России в неофициальном матче — Россия — ФИФА (0:2).
13 июля 2008 года состоялся его прощальный матч .