Родился в СССР в 1962 году в городе Нижний Тагил (Свердловская область) в семье военнослужащего. В 1985 году окончил Московский энергетический институт. После службы в Советской армии (офицером ВВС в Забайкальском военном округе) некоторое время работал на закрытом предприятии оборонного комплекса, затем до 1991 года — в Министерстве культуры и Всероссийском фонде культуры.
Наиболее известное произведение Авдеева — книга «Расология», пропагандирующая расовые концепции. Термин «расология», согласно Авдееву — это обобщенная калька с немецких терминов Rassenlehre (расовая теория), Rassenkunde (расоведение), Rassenforschung (расовые исследования), Rassengedanke (расовое мышление). По Авдееву, расология — это универсальная наука, объясняющая на основе расовых характеристик индивидов их социальное, политическое, культурное, религиозное, сексуальное и иное поведение. Отличие расологии от антропологии Авдеев видит в том, что она не просто констатирует наличие и разницу рас, но выстраивает их иерархию и служит обоснованием для межрасовой борьбы: «Антрополог констатирует сам факт расовых различий (…) расолог же, напротив, оценивает их, создает из них иерархию по степени важности, чтобы научить соплеменников пользоваться ими с выгодой в борьбе за существование лишь для представителей своей расы. Расология как наука не боится давать прямой ответ на два самых коварных традиционных вопроса: „Кто виноват?“ и „Что делать?“» Поэтому главной задачей расологии является «установление закономерной связи между качеством человеческого материала и его историческими проявлениями» .
Книга Авдеева построена главным образом на цитатах из авторов конца XIX — начала ХХ века. Авдеев в целом воспроизводит положения немецкой антропологической школы 30-х годов.
Авдеев дополняет эти постулаты собственной идеей о расовой иерархии даже внутри одного народа, где он выделяет творческое «расовое ядро» и малоценную «расовую периферию»: «каждый исторически значимый народ имеет одну расовую основу, одно расовое ядро, с помощью которого он диктует свои „правила игры“ расовой периферии, то есть расово-нечистым помесям».
Весной 2006 года профессиональное издание книготорговцев «Книжный бизнес» признало первое издание «Расологии» Владимира Авдеева «абсолютным бестселлером» в номинации «философия, политология, эзотерика». В то же время в рецензиях на книгу со стороны профессиональных антропологов и биологов, наряду с достоинствами книги, отмечается её дискуссионный характер и наличие ошибочных утверждений.
Появление на книжном рынке расологических трудов Авдеева и его единомышленников вызвало письмо протеста, подписанное рядом специалистов в областях биологии, антропологии, этнографии и истории. Авторы характеризуют эти труды как «псевдонаучную и спекулятивную литературу» и высказывают уверенность, что «современная российская антропология обладает мощным научным потенциалом, чтобы противостоять натиску ксенофобии». Историк и этнограф В. А. Шнирельман характеризует подход Авдеева как «агрессивный дилетантизм».
Соратник Авдеева по журналу «Атеней» А. М. Иванов подверг критике взгляды Авдеева в своей статье «Посмотрите черепа!».
Книга «Раса и этнос», написанная Авдеевым в соавторстве с А. Н. Севастьяновым (М., 2007), подверглась научной экспертизе. Экспертное заключение, подписанное заведующим отделом антропологии Института этнологии и антропологии РАН, доктором исторических наук С. Васильевым, указывает на «дремучее невежество» авторов и их «бесстыдное паразитирование на науке». Книга, по мнению эксперта, «переполнена в высшей степени хвалебными характеристиками нордической расы и рассуждениями о ее врожденном превосходстве над всеми иными расами… Книга изобилует уничижительными характеристиками других человеческих рас и народов, доказательствами их неполноценности, врожденную порочность и даже животность». «Высказывания, содержащиеся в книге, объективно формируют и закрепляют в читательском сознании в высшей степени отрицательные стереотипы в отношении иных рас и этносов. Возбуждая ненависть, они могут в огромной степени повлиять на формирование массового сознания и послужить основой для ультрарадикальных националистических устремлений, поскольку прямо и открыто оправдывают правомерность применения насилия в межрасовых и межэтнических отношениях».
Изложенные в книгах Авдеева идеи подверглись критике и другими отечественными учёными-антропологами: доктором исторических наук, профессором, зав. сектором этологии человека ИЭА РАН М. Л. Бутовской, главным научным сотрудником Музея антропологии и этнографии РАН, профессором Санкт-Петербургского университета, доктором исторических наук А. Г. Козинцевым, доктором исторических наук, ведущим научным сотрудником Центра азиатских и тихоокеанских исследований ИЭА РАН О. Ю. Артемовой, ведущим научным сотрудником ИЭА РАН, кандидатом биологических наук Г. А. Аксяновой, антропологом, археологом, доктором исторических наук Л. Т. Яблонским.
В диссертации А. В. Пучкова «Неоязычество в современной европейской культуре: На примере расовых теорий» отмечается, что Авдеев и ряд других авторов «воспроизводят основные неоязыческие компоненты классической расовой теории», а именно отказ от монотеизма и христианства, предложение «вернуться к расовым, природным основам человечества». Они «противопоставляют современному „противоестественному“ обществу „инстинкт расы“, призывают придать русской идее „природно-телесную составляющую“ и избавить её от интернационализма и общечеловеческих ценностей, утверждают „бессмертие индивидуума в бессмертии расы“».
В апреле 2011 года Орджоникидзевский районный суд г. Екатеринбурга по представлению прокурора Орджоникидзевского района г. Екатеринбурга признал экстремистскими материалы книги Владимира Авдеева «Расология. Наука о наследственных качествах людей». В опредлении Прокуратуры книга характеризуется следующим образом:
.
В предисловии к сборнику «Русская расовая теория. Выпуск 2» В. Б. Авдеев отреагировал на коллективное письмо учёных в следующих словах: