В 1800 на границе арестован, так как попал под подозрение, что он- "якобинец" и сослан в Сибирь. Тобольский губернатор Д. Р. Кошелев определил местом жительства ссыльного город Курган Тобольской губернии. Вскоре после прочтения императором Павлом I драмы "Старый придворный кучер Петра III" Павел был настолько восторжен, что помиловал Коцебу в срочном порядке и даже одарил поместьем в Эстонии. Одновременно император назначает его придворным советником и ставит во главе немецкого театра в Петербурге.
С 1802 в качестве политического агента русского правительства в Германии, где выступил горячим противником романтизма и политических идеалов молодой Германии.
Редактировал еженедельник «Ernst und Scherz» (в 1803—1806 вместе с Гарлибом Меркелем).
Заколот студентом Зандом в Мангейме 23 февраля 1819 г. Косвенным образом к этому убийству была причастна организация немецкого студенчества — Буршеншафт. Это убийство послужило предлогом для запрета Буршеншафт и отказа от введения конституции в Пруссии и других германских государствах.
Свыше двадцати пьес А. Коцебу и повесть «Опасный заклад» перевёл на русский в начале XIX века Н. П. Краснопольский. От имени Коцебу образовано обозначение низкопробной драматургии, засилье которой на русской сцене в первой четверти XIX века вызывало протесты сатириков и критиков, — «коцебятина». Интересно, что впоследствии сын А. Коцебу Павел служил начальником штаба командующего русской армии в Крыму М.Д. Горчакова, сына автора термина "коцебятина" Д.П. Горчакова, а другой сын Н.Коцебу был новороссийским губернатором.
Оставил целый ряд интересных сочинений мемуарного жанра, среди которых наиболее известны Записки об убийстве Павла I.