Бахтияр Худойназаров родился 29 мая 1965 года в Душанбе. Работал журналистом на радио и телевидении, ассистентом режиссёра на киностудии «Таджикфильм».
В 1989 году окончил режиссёрский факультет Всесоюзного государственного института кинематографии, мастерская Игоря Таланкина. Учился на одном курсе со многими будущими деятелями российского кинематографа: Фёдором Бондарчуком, Иваном Охлобыстиным, Тиграном Кеосаяном, Александром Башировым, Рашидом Нугмановым и другими. На параллельном курсе, на сценарном факультете в то же время учились Рената Литвинова, Роман Качанов и другие.
Его первый полнометражный игровой фильм «Братан» (1991) получил ряд призов на международных кинофестивалях. Второй фильм «Кош-ба-кош» (1993) был отмечен «Серебряным львом» кинофестиваля в Венеции. Трагикомедия «Лунный папа» (1999) стала его наиболее известной режиссёрской работой. Бахтияр Худойназаров живёт в Москве и в Берлине.
В Берлине был слушателем Европейской медиапрограммы Нипков и стипендиатом ДААД (Германской службы академических обменов).