Родился в 1954 году в Саратовской области в многодетной башкирской семье.
В 1973 году, после учебы в Пугачёвском гидромелиоративном техникуме, был призван в Советскую Армию, впоследствии окончил Московский гидромелиоративный институт. В 1975 – 1980 годах работал мастером, прорабом передвижной механизированной колонны Министерства мелиорации и водного хозяйства Башкирской АССР. Позже Б.Н. Батанов назначается начальником отдела, заместителем руководителя, директором Объединенной дирекции Минводхоза БАССР. С 1988 года работал заместителем главного инженера, главным инженером, генеральным директором Государственного унитарного предприятия Проектно-строительно-эксплуатационное объединение «Башводмелиорация», с декабря 2002 года – генеральным директором ГУП Управление «Башмелиоводхоз».
В 1993 году Указом Президиума Верховного Совета РБ Батанову Б.Н. присвоено почетное звание «Заслуженный работник сельского хозяйства Республики Башкортостан», в 2004 году он награжден орденом Дружбы народов Республики Башкортостан, в 2007 году - памятной медалью к 100-летию со дня рождения первого министра мелиорации и водного хозяйства СССР Е.Е. Алексеевского Б.Н. Батанов является членом Совета Союза водников и мелиораторов Российской Федерации, лауреатом проекта «Профессиональная команда страны» по Республике Башкортостан.
Практическая деятельность Б.Н. Батанова многие годы тесно связана с научной. В 2007 году успешно защищена диссертация и присвоена ученая степень доктора сельскохозяйственных наук. Научные разработки отражены в 50 публикациях и трех монографиях Б.Н. Батанова. Член партии «Единство и Отечество» — Единая Россия.
Бахытгалей Николаевич Батанов женат. Воспитывает двоих детей.