Чешка начинала свою легкоатлетическую карьеру как семиборка. В 2000 году она даже стала четвёртой на юниорском чемпионате мира. Впрочем она сосредоточилась на метании копья.
Шпотакова с 2006 года держит рекорд Чехии в метании копья. То достижение, поставленное на мировом легкоатлетическом финале, ныне улучшено на 6 м 7 см.
В 2007 году Барбора принесла первое в истории Чехии золото мировых первенств в метании копья. Показав в первой попытке результат 66 м 40 см она некоторое время лидировала, пока немка Кристина Обергфёль не показала результат 66 м 46 см. Однако её третья попытка с результатом 67 м 7 см оказалась «золотой». Шпотакова первой среди женщин метнула копьё за 67 метров.
В 2008 году Барбора завоевала золотую олимпийскую медаль. Чешка длительная время шла третьей, но метнув в решающей попытке копьё к отметке в 71 м 42 см обошла лидировавших Марию Абакумову и всё ту же Кристину Обергфёль. Та попытка стала рекордом Европы.
Позже, на мировом финале, Барбора ещё улучшила свой результат — 72 м 28 см, что стало новым мировым рекордом.
Следующие несколько крупных мировых и европейских чемпионатов Шпотакова держится в группе лидеров и регулярно выигрывает медали, но победить не может. Например, на мировом первенстве-2011 в Южной Корее, чешка была лидером после первой попытки (с результатом 68 м 80 см), затем была оттеснена на вторую позицию россиянкой Марией Абакумовой, метнувшей копьё к отметке 71 м 25 см. В пятой попытке Барбора вернула себе лидерство, показав 71 м 58 см, но тут же Абакумова отыгрывается, бросив копьё к отметке 71 м 99 см. В решающей попытке Шпотаковой перебить этот результат не удалось.
Тренируется у себя на родине — в пражском спортивном клубе «Дукла» (аналог российского ЦСКА). Долгое время тренером спортсменки был Рудольф Черны, с начала 2011 года — Ян Железны.