Беатрис Португальская родилась 31 декабря 1504 года в Лиссабоне. Она была третьим ребёнком в семье короля Португалии Мануэла I и его второй жены Марии Арагонской. Братья Беатрис, Жуан I и Энрике, впоследствии стали королями Португалии. Сестра, Изабелла, стала супругой Карла V, императора Священной Римской империи.
29 сентября 1521 года в городке Виллефранше Беатрис обвенчалась с Карлом III, герцогом Савойским. Беатрис было шестнадцать лет, Карлу — тридцать четыре.
В браке родилось девять детей, шесть мальчиков и три девочки.
Восемь из них умерли в возрасте от года до тринадцати лет. До совершеннолетия дожил лишь один сын четы, Эммануил Филиберт, который и унаследовал трон отца после его смерти в 1553 году.