Бекмурза Бекмурзаев родился 16 июня 1950 года в селе Атланаул. В 1976 году он с отличием окончил Дагестанский государственный университет.
С 1985 года Бекмурзаев работал первым секретарём Ленинского райкома партии, а в 1990 году стал заведующим отделом Дагестанского обкома КПСС. В том же 1990 году он окончил Академию общественных наук при ЦК КПСС, а в 1994 году — Дипломатическую академию МИД РФ. С 1994 работает на различных должностях в центральном аппарате МИД РФ, затем на дипломатической работе за рубежом. С февраля 1997 возглавляет представительство МИД РФ в г. Махачкале.
В 2005 году Бекмурза Бекмурзаев занял пост министра по национальной политике, делам религий и внешним связям Республики Дагестан, но в этом же году был отправлен в отставку. В 2010 вновь назначен министром по национальной политике, делам религий и внешним связям РД.
4 сентября 2010 года в Махачкале было совершенно покушение на Бекмарзу Бекмурзаева, в результате подрыва машины министра, он и двое его охранников были доставленны в больницу с ранениями, водитель погиб на месте.