Профессиональную футбольную карьеру Хуггель начал в клубе «Базель», в котором он отыграл 7 лет. В 2005 году, решив попробовать себя в более сильном чемпионате Хуггель перешёл в немецкий «Айнтрахт», но отыграв в нём два сезона, он несмотря на то что был игроком основного состава, вернулся в свой родной клуб «Базель», в котором выступает до сих пор. В национальной сборной Бенджамин Хуггель дебютировал в августе 2003 года в матче со сборной Франции, всего на сегодняшний момент он сыграл 36 матчей за сборную, в которых забил 2 гола.