Бен Аффлек родился в городе Беркли (Калифорния, США) 15 августа 1972 года в семье медика и преподавательницы.
В семилетнем возрасте исполнил небольшую роль в телевизионном сериале «Путешествие Мими» (1984), приблизительно в это же время знакомится с Мэттом Дэймоном, который со временем становится его лучшим другом. Окончив школу, Аффлек поступает в университет Вермонта, однако вскоре бросает учёбу и перебирается в Голливуд.
Первые работы актёра в фильмах «Лоботрясы» (1995), «Блеск славы» (1996) и «В погоне за Эми» (1997) славы ему не прибавляют. Переломить ход событий Аффлеку удается, объединив свои силы вместе с Мэттом Дэймоном. Вместе они пишут сценарий картины «Умница Уилл Хантинг», две роли в которой пишут «под себя». Сценарий, одним из условий продажи которого являлось участие в картине двух молодых и безвестных актёров, друзьям удаётся продать далеко не сразу. Однако, в конце концов, покупатель находится, им оказывается студия «Мирамакс», которая поручает работу над картиной режиссёру Гасу Ван Сенту, а на главную роль приглашает Робина Уильямса.
Вышедшая в прокат в 1997 году картина с бюджетом всего в 10 миллионов долларов собирает в прокате более 200. За сценарий к этой картине Мэтт и Бен получают «Оскар» и «Золотой глобус», которые и становятся их билетом в мир большого кино.
Не прошло и года, как на экраны вышла очередная картина с участием Аффлека — высокобюджетный «Армагеддон» Майкла Бэя, главную роль в котором исполнил Брюс Уиллис. Картина, собравшая в прокате более полумиллиарда долларов, прибавила популярности начинающему актёру. В 1999 году в прокат выходит откровенно слабая мелодрама «Силы природы», в которой Бен снялся вместе с Сандрой Буллок, и очередная совместная работа со старым другом Мэттом Дэймоном, «Догма» (1999), имевшая успех несмотря на связанные с ней многочисленные скандалы.
И без того немаленькая армия поклонников молодого актёра увеличивается в несколько раз после выхода на экраны блокбастера «Пёрл-Харбор» (2001), роль в котором предваряла череду неудачных для актёра ролей в таких картинах, как «Цена страха» (2002), «Сорвиголова» (2003), «Час расплаты» (2003), «Козырные тузы» (2006) и других.
В середине 1990-х годов Бен Аффлек имел роман с Гвинет Пэлтроу, однако после совместной работы в картине «Влюблённый Шекспир» (1998 год) отношения между влюблёнными начинают ухудшаться. Вскоре Пэлтроу и Бен расстаются. Позже актёр имел романтические отношения с певицей и актрисой Дженнифер Лопес. В 2002 году они обручились, а в 2004 году расстались. В 2005 году он женился на актрисе Дженнифер Гарнер, вместе с которой они имеют двух дочерей. 22 августа 2011 года пара подтвердила информацию о том, что ждут появления третьего ребенка. 27 февраля 2012 года Дженнифер родила мальчика, названного Сэмюэлем Гарнером Аффлеком.