Бенджамин Ауэр начал свою профессиональную карьеру в клубе «Карлсруэ», откуда в 2000 году перешёл в мёнхенгладбахскую «Боруссию». Однако на молодёжном чемпионате мира 2001 года (до 20 лет) в Аргентине он повредил связки и надолго выбыл из игры. После выздоровления он продолжил играть в «Боруссии», однако из-за разногласий с тренером Хансом Майером ушёл в «Майнц 05», в составе которого провёл четыре сезона, сыграл 116 игр и забил 30 голов.
Летом 2006 года Ауэр перешёл в «Бохум», но из-за перенесённых травм и вирусного заболевания он долго не мог выступать. После выздоровления его отдали в аренду в «Кайзерслаутерн», однако и здесь его продолжали преследовать травмы. В 2008 году Ауэр подписал контракт с клубом «Алемания», в составе которого в сезоне 2008/09 стал лучшим бомбардиром второй Бундеслиги (вместе с Мареком Минталом и Седриком Макьяди), забив 16 голов.