Относительно даты и места рождения Бенедикта Дыбовского биографы расходятся. Некоторые из них считают, что он родился 30 апреля (12 мая) 1833 года в имении Тонвы (Тонва) Минской губернии в достаточно обеспеченной семье мелкого помещика. Однако сам Б. И. Дыбовский в своих дневниках указывает, что родился в 1830 году в имении Адамарин той же губернии.
Бенедикт, сделав под руководством гувернёра уроки, обычно бежал к небольшому пруду в саду и часами смотрел на удивительный мир рыб и других жителей водного царства.
Окончив гимназию, осенью 1853 года Бенедикт Дыбовский поступил на медицинский факультет Дерпского (теперь Тартуского) университета.
Видный деятель Польского восстания в 1863 г., был комиссаром правительства повстанцев в Белоруссии и Литве. Был приговорён к повешению, которое в результате активной кампании в его защиту со стороны германских зоологов и посредничеству Бисмарка, было заменено на 12 лет ссылки в Сибирь. Там он исследовал озеро Байкал, реку Амур и обогатил зоологию целым рядом новых открытий. Благодаря усилиям Петербургской Академии Наук он в 1877 году вернулся на родину, но скоро, желая изучить Камчатку, взял место окружного врача в Петропавловске-Камчатском. В частности он подробно изучал природу Командорских островов.
В 1883 г. эмигрировал во Львов, который находился под властью Австро-Венгрии, где преподавал во Львовском университете. Стал руководителем кафедры зоологии, создал зоомузей. В 1906 г. вынужден был уйти на пенсию из-за конфликта с руководством университета, вызванным приверженностью Дыбовского теории Дарвина. Переехал к сестре в родовое имение на территории Российской империи в Белоруссии. С началом Первой мировой войны был арестован как австрийский подданный и сослан в Иркутск, по прибытии на место местные власти отказались его принять и распорядились об его этапировании в Якутию. От якутской ссылки престарелого ученого спасли усилия Петербургской Академии Наук и Императорского Географического Общества. Он вернулся обратно в имение. Когда эта часть Белоруссии была занята немецкими войсками, он получил позволение оккупационных властей выехать во Львов. Там он встретил конец войны и образование польского независимого государства. Умер во Львове в 1930 году, похоронен на Лычаковском кладбище в некрополе повстанцев 1863 года. Его многочисленные статьи по зоологии напечатаны в русских, польских и немецких журналах, всего 175 научных трудов; составленные им словари изданы Польской академией знаний в 5 томах.
14 января 1928 г. он был избран членом-корреспондентом Академии Наук СССР.