Перед тем как стать папой, Бенедикт VI был кардинал-дьяконом в Сан-Теодоро. Был избран папой по протекции императора Оттона I Великого. Бенедикт VI был сторонником Оттона I и 22 сентября 972 года выбран на пост папы после смерти Иоанна XIII, вопреки надеждам римского патрицианского рода Кресченци, который в период правления Иоанна XIII был у самой вершины власти. Так как необходимо было дождаться подтверждения выбора от императора, только 19 января 973 года Бенедикт VI был посвящен в сан. После смерти Оттона I в мае 973 года он лишился покровительства в Риме, в последующий год он был смещен группой дворян под предводительством антипапы Бонифация VII. В июне 974 года, будучи в плену в замке Святого Ангела, Бенедикт VI был убит.
В его церковных делах достойно упоминания только лишь основание архиепископства Праги.