Бенисио дель Торо родился 19 февраля 1967 года в городе Сан-Хуан, столице Пуэрто-Рико, в семье адвоката Густаво Адольфо дель Торо Бермундеса и его супруги Фаусты Санчес Ривера. У актёра есть брат по имени Густаво, он старше его на два года и в настоящее время он работает детским онкологом на Манхеттене. В 1980 году его мать умерла от гепатита, и отец отправил сына к родственникам в США, в небольшой город Мерсербург в Пенсильвании, где Бенисио определили в местную школу-интернат.
После школы дель Торо поступил в Университет Калифорнии в Сан-Диего, но вскоре бросил его, заинтересовавшись театром. Затем он отправился в Нью-Йорк и поступил в школу драматического искусства Circle In The Square, однако учёба там по каким-то причинам не задалась, и Бенисио уехал в Лос-Анджелес, где на протяжении трех лет брал уроки у знаменитых театральных педагогов Стеллы Адлер и Артуро Мендосы.
Во время учёбы дель Торо дебютировал на телевидении, получив в 1987 году небольшую роль в эпизоде популярного телесериала «Полиция Майами», а уже через год впервые снялся в кино в комедии «Коротышка — большая шишка». В 1989 году актёру предложили принять участие в новом фильме о приключениях Джеймса Бонда — «Лицензия на убийство», и в итоге дель Торо стал самым молодым злодеем бондианы. В 1991 году последовала небольшая роль в режиссёрском дебюте Шона Пенна, драме «Индеец-беглец», и далее второстепенные роли в картинах «Дармовые бабки», «Бесстрашный», «Фарфоровая луна» и «Среди акул».
Важным этапом в карьере Бенисио стало участие в криминальном триллере 1995 года «Подозрительные лица», за участие в котором критики присудили актёру премию «Независимый дух». В следующем году он снова был удостоен этой премии — на этот раз за фильм «Баския». В 1996 году актёр появился ещё в трех картинах. Это были драма «Угон по-американски», криминальная драма «Похороны», где актёр сыграл гангстера Гаспара, и триллер Тони Скотта «Фанат», в котором партнерами дель Торо были Роберт де Ниро и Уэсли Снайпс.
В 1997 году актриса Алисия Сильверстоун пригласила Бенисио сняться вместе в романтической комедии «Лишний багаж», которую сама же и продюсировала. Фильм провалился в прокате, однако о работе актёра критики отозвались положительно. Затем, в 1998 году, дель Торо вместе с Джонни Деппом снялся в экранизации знаменитого романа Хантера Томпсона — фильме «Страх и ненависть в Лас-Вегасе», — и роль доктора Гонзо стала для актёра настоящим прорывом. Ради участия в проекте актёр набрал около двадцати килограммов, но в итоге «Страх и ненависть в Лас-Вегасе», режиссёром которого был Терри Гиллиам, стал одним из культовых фильмов 90-х.
В 2000 году, после двухлетнего перерыва актёр снялся сразу в трех значительных фильмах. Первым стал триллер «Путь оружия», режиссёрский дебют сценариста Кристофера Маккуарри, затем последовала криминальная драма Стивена Содерберга «Траффик». Этот фильм, сюжет которого был построен на проблеме незаконного оборота наркотиков, был удостоен четырёх «Оскаров» — и один из них получил дель Торо. Помимо этого за роль полицейского Хавьера Родригеса актёр был удостоен в общей сложности девятнадцати престижных наград и номинаций, в том числе получил премии BAFTA, «Золотой глобус» и приз за лучшую мужскую роль 51-го Берлинского кинофестиваля. И, наконец, третьим фильмом актёра этого года стала знаменитая гангстерская комедия Гая Ритчи «Большой куш».
Следующим заметным появлением актёра на киноэкране стало участие в картине его старого знакомого Шона Пенна «Обещание». В 2003 году вместе с Томми Ли Джонсом он снялся в триллере «Загнанный» и драме «21 грамм», и за роль в последнем фильме, где помимо него снялись Шон Пенн и Наоми Уоттс, получил награду Венецианского кинофестиваля плюс номинации на «Оскар» и премию BAFTA. 2005 год был не менее удачен для дель Торо — наряду с Брюсом Уиллисом, Микки Рурком, Клайвом Оуэном, Джессикой Альба и другими известными актёрами он принял участие в черно-белом триллере «Город грехов», блестящей стилизованной экранизации графических романов Фрэнка Миллера.
В 2007 году дель Торо вместе с Хэлли Берри принял участие в съёмках драмы «То, что мы потеряли», а в 2008 году снялся в картине «Че», биографическом фильме Стивена Содерберга о легендарном кубинском революционере Че Геваре, где актёр исполнил главную роль.
Перечислены основные награды и номинации. Полный список см. на IMDb.com