Родился в еврейской семье в Яссах, где принадлежал к группе авангардистов и печатался под псевдонимом Барбу Фундояну. Во Франции с 1923, получил французское гражданство в 1938, писал на французском языке с 1925.
Близок к Льву Шестову (они познакомились в 1924 году, позже Шестов был свидетелем на свадьбе Бенжамена), Ж. Маритену, Э. Чорану, А. Адамову, Т. Тцара, К. Брынкуши. В 1928 участвует в деятельности авангардной литературной группы «Разрыв» (Адамов и др.).
В 1929 году по приглашению Виктории Окампо побывал в Буэнос-Айресе, читал лекции о французском киноавангарде, позже сотрудничал с влиятельным буэнос-айресским журналом «Sur» (опубликовал там эссе о Хайдеггере).
В годы нацистской оккупации издавался в подпольной антологии «Честь поэтов» под псевдонимом Исаак Лакедем (французское имя Агасфера). 7 марта 1944 года вместе с сестрой арестован французской полицией, депортирован в Освенцим, погиб в газовой камере.
В последние десятилетия интерес к фигуре и наследию Фондана растет: после 1979 г. во Франции переизданы основные сочинения, в 1993 году общество по изучению его творчества создано в Израиле, а в 1997 и во Франции, где вышло несколько номеров посвященного ему альманаха «Фондановские тетради».
Воспоминания о последних парижских годах Фондана принадлежат Чорану.