Прежде, до назначения на пост премьер-министра, Бернар Макуза был послом в Бурунди, затем в Германии. После отставки предыдущего главы правительства Руанды Пьера-Селестена Рвигемы, подвергавшегося критике со стороны прессы и парламента, Бернар Макуза был назначен на освободившийся пост премьер-министра президентом Пастёром Бизимунгу, которого на посту президента Республики вскоре сменил Поль Кагаме.
8 марта 2008 года вновь назначен премьер-министром.