Биография Бернардино Фунгаи плохо документирована, специалисты знают о нём немного. В документах он появляется в 1482 году в качестве подмастерья (garzone) у Бенвенуто ди Джованни во время работ над монохромными фресками в барабане купола сиенского собора, в связи с чем многие учёные считали его учеником Бенвенуто. Однако в его работах видно гораздо большее влияние Маттео ди Джованни. В качестве творческого предшественника предлагалась и кандидатура Джованни ди Паоло.
Сегодня существует единственное подписанное и датированное им произведение — алтарь «Богоматерь с младенцем, св. Себастьяном, св. Иеронимом, Николаем и св. Антонием Падуанским» (1512 г. Сиена, Пинакотека). Отталкиваясь от этой работы, специалисты относительно уверенно выстроили позднее творчество Бернардино Фунгаи, однако изучение его раннего периода проблематично.
Этот художник не оставался в стороне от новаций конца XV века, и, несмотря на крепкую сиенскую закваску (а то, что Бернардино воспитывался на сиенской традиционной живописи, не вызывает сомнений), в его произведениях можно видеть подражание работам Лука Синьорелли, Перуджино и Пинтуриккьо. Из документов следует, что Бернардино кроме красок работал с таким дорогим материалом, как золото — в 1494 году он получил заказ на изготовление церемониальных золочёных стягов, а пять лет спустя золотил футляр органа в соборе. Кроме крупных произведений Бернардино Фунгаи занимался росписью таволетта и кассоне.
Среди немногочисленных работ художника дошедших до наших дней можно отметить три разных изображения Мадонны.
Кроме этих, довольно крупных станковых произведений, в разных музеях мира хранятся несколько картин, которые ранее составляли пределлы разных алтарей. Кроме того, художник создал множество расписных панелей для кассоне. В Государственном Эрмитаже Санкт Петербурга и в ГМИИ им. Пушкина в Москве находятся две парные доски со сценами из жизни Сципиона Африканского, ещё три доски Фунгаи с росписями на этот сюжет - в частных коллекциях.