В 1882 году Мункачи окончил обучение в Будапештском университете и последующую свою жизнь целиком посвятил изучению финно-угорских и тюркских народов Поволжья и Западной Сибири (удмурты, ханты, манси, чуваши и др.) и их языковым и культурным связям с венграми, в том числе и непосредственным полевым исследованиям. Так, в 1885 году он находился в Уфимской губернии, где с целью изучения местного населения посетил 6 уездов.
Мункачи редактировал журнал «Ethnographia», основал журнал «Келети семле» («Keleti Szemle»), в 1904 году организовал Венгерский комитет Международного общества Средней и Восточной Азии.
В 1915-1916 годы Мункачи находился в Эстергомский лагере, где записывал тексты от 25 пленённых в ходе Первой мировой войны русских солдат-удмуртов.
Исследования Берната Мункачи — как прикладные (огромная коллекция языковых текстов), так и теоретические (выводы из истории, сравнительного языкознания и диалектологии народов Поволжья и Западной Сибири), продолжают оставаться актуальными и очень ценными и в наше время.
Основные научные работы Мункачи в области сравнительного языкознания, тюркологии, иранистики и этнографии. Некоторые из них изданы уже после смерти ученого другими финноугроведами: